Александър Божков е вицепремиер и министър на промишлеността в служебния кабинет на Стефан Софиянски, остава на този пост и в правителството на Иван Костов.[1] През декември 1999 година е освободен от правителството и става главен преговарящ за присъединяването на България към Европейския съюз, но подава оставка от този пост на 9 юни 2000 г. Едно от лицата на икономическата политика на кабинета на Костов, довела до приватизацията на над 40% от държавните предприятия, Божков става обект на остри критики от страна на опозицията и получава прякора „Мистър 10%“, заради обвинения за взимани комисиони при приватизационните сделки, в които участва като министър на промишлеността.[2]
След 2000 г. Александър Божков се оттегля от политическия живот. През следващите години е съпредседател на неправителствената организация Център за икономическо развитие, колумнист във вестник „Дневник“, водещ на музикалното предаване „Музика за душата“ по Дарик радио. Член е на настоятелството на Нов български университет, където води курс по „Изкуство на преговорите“.
През 2004 г. е осъден на две години условно с тригодишен изпитателен срок за безстопанственост на цех в село Цалапица през 1998 г.[3] Присъдата е отменена от Върховния касационен съд, а впоследствие, през 2007 г. е окончателно оправдан по това дело, както и по делата за „Дамяница“, „Издателски комплекс Цанко Церковски“ и „Напредък ООД“. През юли 2008 г. е оправдан и по последното дело срещу него – това за компенсаторните записи на Енгибарова-Шмид. Самият Божков твърди, че всички тези дела са образувани от главния прокурор Никола Филчев по политическа поръчка.
↑„2001 – Минус една година за приватизацията“, segabg.com, 3 януари 2002 г.: „мнозина наричат [А. Божков] Мистър 10% заради подозрения, че е взимал комисиони за приватизационни сделки“
