Пасля стварэння СРЮ, улада ў Сербіі знаходзілася ў руках Слабадана Мілошавіча. У Чарнагорыі прэзідэнтам стаў яго паплечнік Момір Булатавіч. Аднак затым Булатавіч ўзяў курс на аддзяленне Чарнагорыі і абвяшчэнне незалежнасці. Італія прапанавала Чарнагорыі магчымасць хуткага доступу ў Еўрапейскую супольнасць, калі Чарнагорыя выйдзе са складу Югаславіі. Але і ў выніку Булатавіч схіліўся да вырашэння увайсці ў склад абноўленай Югаславіі.
Пры гэтым Чарнагорыя адмовілася ад камуністычнай ідэалогіі і ўступіла на шлях дэмакратычных пераўтварэнняў. У 1992 годзе сталіцы рэспублікі Цітаграду было вернута гістарычная назва — Падгорыца.
Камуністычныя сьцяг і герб былі замененыя на традыцыйны чарнагорскі трыкалор і двухгаловага арла. З усіх былых югаслаўскіх рэспублік толькі Чарнагорыя засталася ў складзе Югаславіі. Гэта дало магчымасць Югаславіі захаваць выхад да мора і ваенна-марскі флот. Аднак жаданне незалежнасці часткі чарнагорскіх нацыяналістаў паступова набірала папулярнасць у чарнагорскім грамадстве.
У 1998 годзе Булатавіч сыходзіць у адстаўку, і новым прэзідэнтам Чарнагорыі становіцца Міла Джуканавіч, заўзяты прыхільнік незалежнасці Чарнагорыі. У канцы 1990-х гадоў чарнагорскі лідар Міла Джуканавіч з паплечніка Слабадана Мілошавіча ператварыўся ў яго непрымірымага праціўніка, што адразу прыцягнула на яго бок міжнародную супольнасць і сербскую апазыцыю. Джуканавіч спачатку запатрабаваў ад Мілошавіча замацаваць за Чарнагорыяй права на самастойную знешнюю палітыку, а пасля паставіў сваёй мэтай поўную незалежнасць. Тады атрыманню ёю юрыдычнай незалежнасці перашкодзіў Еўрапейскі саюз. У 2000 годзе Чарнагорыя перайшла на нямецкую марку, а з студзеня 2002 года афіцыйнай грашовай адзінкай краіны стаў еўра.
Дзяржаўны Саюз Сербіі і Чарнагорыі
Пасля Бульдозернай рэвалюцыі ў Сербіі і звяржэння з пасады прэзідэнта Сербіі Мілошавіча, Джуканавіч і кіраўніцтва Чарнагорыі сталі патрабаваць скасавання СРЮ і стварэння канфедэрацыі.
У 2003 годзе быў створаны Дзяржаўны Саюз Сербіі і Чарнагорыі. Дзяржаўная супольнасць Сербіі і Чарнагорыі была створана пад магутным ціскам Еўрапейскага саюза пры актыўным ўдзеле Хаўера Саланы. Згодна з Канстытуцыйнай хартыяй новай федэрацыі, у лютым 2005 года павінны былі адбыцца выбары ў яго заканадаўчы сход, а з 2006 года дзяржавы-члены ў яго складзе атрымлівалі права на правядзенне рэферэндуму аб незалежнасці.
У 2006 годзе ўрад Чарнагорыі дамогся правядзення рэферэндуму аб незалежнасці, па выніках якога была абвешчана незалежнасць Чарнагорыі. Пасля абвяшчэння незалежнасці Чарнагорыя пачала зноўку выбудоўваць свае міжнародныя адносіны.