У дачыненні да вучэльні нярэдка, нават на афіцыйным узроўні, выкарытоўваецца назва Плімуцкі ўніверсітэт Марджон (англ.: Plymouth Marjon University), якая з'яўляецца ўсячэннем поўнай назвы да першых літар імёнаў святых апосталаў і евангелістаўМарка і Яна (у англійскай традыцыі Джон), у гонар якіх ён і названы.
Гісторыя ўніверсітэта бярэ пачатак з моманту заснавання Нацыянальным таварыствам садзейнічання рэлігійнай адукацыі каледжаў каледжа Святога Яна ў Батэрсі ў Лондане (1840 год) і каледжа Святога Марка ў Чэлсі таксама ў Лондане (1841 год).
Гэтыя каледжы аб'ядналіся ў 1923 годзе, стварыўшы адзіную ўстанову ў Чэлсі пад назвай Каледж Святога Марка і Святога Яна. У 1973 годзе адбыўся пераезд у Плімут з-за таго, што каледж перарос свой лонданскі кампус у Чэлсі.
У 2007 годзе каледж атрымаў статус універсітэцкага каледжа. У 2013 годзе ён атрымаў статус універсітэта.