З’яўляўся старшынёй Партыі свабоды і справядлівасці, якая была ўтворана «братамі-мусульманамі» 30 красавіка 2011 пасля рэвалюцыі ў Егіпце. У 2012 годзе Мухамед Мурсі перамог у другім туры прэзідэнцкіх выбараў у Егіпце. 3 ліпеня 2013 адхілены ад улады вайскоўцамі на фоне масавых пратэстаў супраць яго кіравання.
21 красавіка 2015 года ён прысуджаны да 20-гадовага турэмнага зняволення за забойствы дэманстрантаў у 2012 годзе. 16 мая 2015 яму і шаснаццаці яго прыхільніам вынесены смяротны прысуд па абвінавачванні ў дачыненні да масавых уцёкаў зняволеных з турмаў падчас «арабскай вясны» ў 2011 годзе. 18 чэрвеня 2016 смяротны прысуд быў адменены пад ціскам міжнароднай супольнасці, Мухамед Мурсі прысуджаны да пажыццёвага зняволення за шпіянаж на карысць Катара.
Таксама ён абвінавачваўся ў шпіянажы ў сувязі з меркаванымі кантактамі з палестынскай ісламісцкай групоўкай «ХАМАС». 17 чэрвеня 2019 Мухамед Мурсі страціў прытомнасць у судзе пасля слуханняў, а затым памёр[6].
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}