Клуб быў заснаваны ў 1996 годзе і заявіўся ў Другую лігу пад назвай «Зорка», адкуль праз некалькі гадоў павысіўся спачатку да Першай, а потым і да Вышэйшай лігі. У эліце беларускага футбола клуб правёў чатыры гады, увесь час знаходзіўся ў зоне вылету і нарэшце вярнуўся ў Першую, а потым і ў Другую лігу, дзе выступаў з 2008 па 2013 гады.
2013
У сезоне 2013 клуб вёў барацьбу за выхад у Першую лігу, але ў канцы сезона саступіў другі радок мастоўскаму «Нёману», а сам апынуўся на трэцім месцы. Тым не менш, пасля адмовы «Нёмана» ад павышэння ў лютым 2014 года мінчане ўсё ж такі атрымалі магчымасць выступіць у Першай лізе[1]. У сакавіку 2014 года «Зорка-БДУ» афіцыйна атрымала месца ў другім па рангу дывізіёне[2].
2014
У сезоне 2014 склад каманды амаль не змяніўся ў параўнанні з папярэднім. Стаўка рабілася на ўласных маладых выхаванцаў. Калі не лічыць капітана каманды, вопытнага Валерыя Апанаса, то ўзрост ігракоў не пераўзыходзіў 27 гадоў (а пасля зыходу ўлетку 2014 года з каманды лідараў — Сяргея Русецкага і Аляксея Хадневіча — увогуле 23 гадоў). Доўгі час каманда знаходзілася ўнізе турнірнай табліцы. Але, набраўшыся вопыту, маладыя ігракі бліжэй да канцу чэмпіянату сталі набіраць усё больш ачкоў, і ў выніку каманда скончыла сезон на 9 месцы. Пры гэтым, па колькасці забітых галоў (50 у 30 турах) «Зорка-БДУ» апынулася на другім месцы ў лізе пасля мазырскай «Славіі».
2015
У сезоне 2015 склад каманды папоўніў шэраг вопытных ігракоў, як Юрый Мархель, Аляксандр Быліна, вярнуліся Сяргей Русецкі і Аляксей Хадневіч. Сезон каманда пачала ўпэўнена і ішла сярод лідараў, але потым гульня пайшла на спад, і сезон «Зорка-БДУ» скончыла на 10-м месцы.
2016
У сезоне 2016 «Зорка-БДУ» зноў амаладзіла склад — ветэраны пакінулі каманду, за якую сталі выступаць у асноўным ігракі 1997 года нараджэння і маладзейшыя. Каманда доўгі час ішла ў сярэдзіне табліцы, аднак няўдалы фініш адкінуў яе на 10-е месца з 14.
2017
У пачатку 2017 года на чале каманды стаў трэнерскі дуэт Уладзіміра Бяляўскага і Анатоля Юрэвіча, які падоўжыў камплектаванне каманды ўласнымі маладымі выхаванцамі, запрасіўшы ў склад некалькі вопытных ігракоў. У сакавіку 2017 года стала вядома, што каманда, якая доўгі час была вядома як «Зорка-БДУ», змяніла назву на «Энергетык-БДУ»[3]. Пасля няўдалага пачатку каманда стала набіраць ачкі, першую палову чэмпіянату «Энергетык-БДУ» скончыў на пятым месцы. Пазней справы пайшлі горш, і клуб апусціўся ў сярэдзіну табліцы, аднак паспяховы фініш дазволіў атрымаць выніковы шосты радок.
2018
У сезоне 2018 каманда працягвала стаўку на ўласных выхаванцаў, хоць некаторыя з іх і былі запрошаны ў клубы Вышэйшай лігі. З самага пачатку турніру «Энергетык-БДУ» ўпэўнена ішоў па дыстанцыі і апынуўся сярод лідараў. Барацьба з мазырскай «Славіяй» і бабруйскай «Белшынай» скончылася для сталічнага клуба другім месцам і вяртаннем у Вышэйшую лігу праз трынаццаць гадоў.
2019
Перад пачаткам сезона ў Вышэйшай лізе «Энергетык-БДУ» захаваў асноўных ігракоў, запрасіўшы таксама шэраг маладых футбалістаў, а таксама легіянераў. Каманда гуляла ў атакуючы футбол, забівала шмат галоў, аднак пры гэтым яшчэ больш прапускала. Доўгі час «Энергетык-БДУ» знаходзіўся ў канцы табліцы, змагаючыся за захаванне месца ў элітным дывізіёне, аднак паспяховы фініш дазволіў камандзе заняць выніковае дванаццатае месца. Нападнік «Энергетыка-БДУ» Ілья Шкурын з дзевятнаццаццю галамі стаў найлепшым бамбардзірам лігі.
2020
У 2020 годзе ў сувязі з новымі правіламі АБФФ каманда мусіла з мая праводзіць дамашнія матчы на пляцоўцы з натуральным пакрыццём, а паколькі стадыён РЦАП-БДУ не падыходзіў, то свае матчы «Энергетык-БДУ» праводзіў на гарадскім стадыёне ў Маладзечне. Каманда добра пачала сезон, ішла сярод лідараў турніру. Летам каманду пакінулі лідары, Жасурбек Яхшыбоеў і Дэвід Твэ, якія перайшлі ў салігорскі «Шахцёр» і брэсцкае «Дынама» адпаведна. У другой палове сезона «Энергетык-БДУ» стаў часцей цярпець паражэнні, у выніку апынуўся ў сярэдзіне табліцы і скончыў сезон на 10-м месцы, якое тым не менш стала найлепшым у гісторыі.
У снежні 2020 года памёр заснавальнік і нязменны кіраўнік клуба Уладзімір Пігулеўскі.
2021
У сезоне 2021 каманда працягвала рабіць стаўку на іншаземных (пераважна ўзбекскіх і афрыканскіх), а таксама маладых беларускіх ігракоў. З мая дамашнія матчы клуб праводзіў на гарадскім стадыёне ў Барысаве. Большую частку сезона «Энергетык-БДУ» знаходзіўся ў ніжняй палове табліцы, у канцы нават трапляў у зону вылету, але скончыў сезон на 13-м месцы.
2022
У пачатку 2022 года клуб пакінулі лідары, якіх замянілі маладыя выканаўцы, таксама былі запрошаны футбалісты з Узбекістана. У лютым клуб пакінуў галоўны трэнер Уладзімір Бяляўскі, на яго месца заступіў Павел Раднёнак (пры гэтым фактычна падчас матчаў гульнёй кіраваў Аляксандр Паўлаў, а агулам за трэніровачным працэсам працягваў наглядаць Анатоль Юрэвіч). У чэмпіянаце клуб выступаў паспяхова і хутка апынуўся сярод лідараў, да канца сезона змагаўся за першы радок. У выніку «Энергетык-БДУ» сенсацыйна заваяваў сярэбраныя медалі, а нападнік клуба Бабур Абдыхалікаў з 26 галамі стаў найлепшым бамбардзірам чэмпіянату.
2023
У пачатку 2023 года клуб пакінула значная колькасць ігракоў, якія былі лідарамі каманды ў мінулым годзе, яны перайшлі ў больш статусныя клубы. Сезон каманда пачала няўпэўнена і хутка апынулася ў ніжняй палове табліцы. 11 мая 2023 года па выніках справы па дагаварным матчам клуб быў пакараны: пазбаўлены сярэбраных медалёў 2022 года, 20 ачкоў у чэмпіянаце 2023 года і 10 ачкоў у чэмпіянаце 2024 года, атрымаў штраф; дыскваліфікацыі і штрафы таксама атрымалі прадстаўнікі клуба Анатоль Юрэвіч і Арам Абд-аль-Маджыд[4]. У той жа дзень клубу было адмоўлена ў атрыманні ліцэнзіі УЕФА, з-за чаго ён быў пазбаўлены права ўдзельнічаць у Лізе канферэнцый[5]. 22 мая 2023 года «Энергетык-БДУ» быў пазбаўлены яшчэ 3 ачкоў у чэмпіянаце 2023 года[6]. У выніку штрафаў каманда апынулася ў канцы табліцы, дзе змагалася з іншымі аштрафаванымі клубамі — салігорскім «Шахцёрам» і бабруйскай «Белшынай». Прапусціўшы наперад «Шахцёр», сталічны клуб пэўны час знаходзіўся на апошнім радку, і толькі перамога ў апошнім туры дазволіла «Энергетыку-БДУ» абысці «Белшыну» і заняць перадапошняе месца. Пасля паражэння ў стыкавых матчах ад «Віцебска» каманда апусцілася ў Першую лігу.
↑Клуб пазбаўлены сярэбраных медалёў чэмпіянату 2022 года па выніках справы аб дагаварных матчах[4].
↑Рашэннем Камітэта кантрольна-дысцыплінарнага і па этычных пытаннях АБФФ ад 11 мая 2023 года «Энергетык-БДУ» пазбаўлены 20 ачкоў у сувязі са скандалам з дагаварнымі матчамі[4]. Рашэннем Камітэта па клубным ліцэнзаванні АБФФ ад 22 мая 2023 года «Энергетык-БДУ» пазбаўлены яшчэ 3 ачкоў за парушэнні Рэгламенту АБФФ па ліцэнзаванні і кантролі дзейнасці клубаў[6].
↑Пераходныя матчы за месца ў Вышэйшай лізе супраць «Віцебска», трэцяй каманды Першай лігі 2023 (0:0, 0:1).