Універсітэт быў заснаваны ў 1989 годзе як Універсітэт Паўночнай тэрыторыі ў Дарвіне, 1 студзеня 2004 года ён быў аб'яднаны з Цэнтральным каледжам у Аліс-Спрынгс пад новай назвай — Універсітэт імя Чарльза Дарвіна. Названы ўніверсітэт у гонар брытанскага натураліста Чарлза Дарвіна.