Паходжанне слова «рупія» ідзе ад санскрытскага слова rūp ці rūpā, што азначае «срэбра» ў многіх Інда-Арыйскіх мовах. На санскрыце слова rūpyakam азначае манету з срэбра.
Пакістанская рупія была ўведзена ў абарачэнне пасля атрымання краінай незалежнасці ад Брытаніі ў 1947 годзе. Некалькі першых месяцаў незалежнасці, Пакістан карыстаўся індыйскімі манетамі з паметкай «Пакістан». Новыя манеты і банкноты былі выпушчаны ў абарачэнне ў 1948 годзе. У 1961 годзе быў уведзены сучасны падзел рупіі на 100 пайсаў.
