Прафесійную кар’еру ігрок пачаў на радзіме. 16 студзеня 2008 года падпісаў кантракт з нідэрландскім клубам «ВВВ-Венла» з Эрэдывізі, аднак ужо праз паўгода клуб вылецеў у дывізіён ніжэй. У наступны сезон 2008/09 ігрок забіў 16 гадоў, чым дапамог камандзе вярнуцца ў эліту. У канцы снежня 2009 года было аб'яўлена пра пераход японскага футбаліста ў расійскі ЦСКА. Дэбют іграка прыпаў на матч Лігі чэмпіёнаў супраць клуба «Севілья».
27 кастрычніка 2013 года галоўны трэнер «Мілана»Масіміліяна Алегры абвясціў пра пагадненне на далучэнне Хонды да клуба на правах свабоднага агента ў студзені 2014 года[3][4]. 4 студзеня2014 года Хонда афіцыйна стаў іграком італьянскага клуба. Спачатку трывала гуляў у аснове «Мілана», аднак у сезоне 2016/17 страціў месца ў складзе. У чэрвені 2017 года пакінуў «Мілан» у якасці свабоднага агента.
У ліпені 2017 года перайшоў у мексіканскі клуб «Пачука»[5], а ў ліпені 2018 года перабраўся ў аўстралійскі «Мельбурн Віктары», дзе выступаў да канца сезона 2018/19. У жніўні 2018 года быў адначасова прызначаны галоўным трэнерам нацыянальнай зборнай Камбоджы.
У лістападзе 2019 года падпісаў кантракт з нідэрландскім клубам «Вітэс», аднак ужо ў снежні таго ж года па пагадненні бакоў пакінуў яго[6]
У студзені 2020 года далучыўся да бразільскага клуба «Батафогу», які пакінуў у снежні 2020 года. У лютым 2021 года падпісаў кантракт з партугальскім «Партыманенсі»[7], але ўжо праз некалькі дзён пакінуў яго, бо клуб не здолеў зарэгістраваць іграка[8]. У сакавіку 2021 года далучыўся за бакінскага «Нефтчы», гуляў там да канца сезона 2020/21 і стаў чэмпіёнам Азербайджана.
У верасні 2021 года стаў іграком літоўскай «Судувы»[9]
Міжнародная кар’ера
У 2005 годзе Кэйсукэ атрымаў выклік у нацыянальную зборную Японіі, аднак на поле ў складзе зборнай не з’явіўся. У 2007 годзе ў якасці лідара моладзевай зборнай Японіі дапамог камандзе здабыць пуцёўку ў асноўны турнір пекінскай Алімпіяды. У чэрвені 2008 года ігрок дэбютаваў у складзе зборнай Японіі, а першы гол забіў 27 мая 2009 года ў матчы супраць зборнай Чылі.