Нарадзіўся пад апошнімі бамбёжкамі Другой сусветнай вайны. Збіраўся вучыцца праву, літаратуры, мовазнаўству, але схіліўся да мастацтва, вучыўся ў Фрайбургу, Карлсруэ, Дзюсельдорфе. У 1969 годзе праславіўся правакацыйнай інсталяцыяй у адной з галерэй Карлсруэ, якая звяртала ўвагу гледачоў на жывучасць нацызму (на фатаграфіях ён аддаваў нацысцкае прывітанне на фоне сімвалічных славутасцей найбуйнейшых гарадоў Еўропы). Пазнейшая творчасць Кіфера працягнула гэтую лінію: гэта аналітычная праца з найболей агульнымі і глыбіннымі знакамі нямецкага духу ад Нібелунгаў да Гітлера, міфамі вялікай місіі германскага народа, адмысловага шляху Германіі, вялікага правадыра і т. п. Сярод настаўнікаў Кіфера быў Іозеф Бойс.
З 1993 года жыве і працуе ў Францыі, дзе зрабіў творчай лабараторыяй прамысловую зону ў дэпартаменце Гар; тут зняты дакументальны фільм Сафі Файнс пра мастака Over Your Cities Grass Will Grow.