Японія афіцыйна падзяляецца на 47 адміністрацыйных адзінкі вышэйшага ўзроўню. Яны аб’яднаны ў сістэму тодофукэн (яп. 都道府県 то-до:-фу-кэн). Па гэтай сістэме краіна складаецца з адной сталіцы то (яп. 都) — Токіа, адной вобласці до (яп. 道) — Хакайда, дзвюх гарадоў фу (яп. 府?), якія маюць статус прэфектуры, — Кіёта і Осака — і сарака трох прэфектур кэн (яп. 県). Дзеля зручнасці ў Заходнім японазнаўстве прынята называць вышэйназваныя адзінкі «прэфектурамі».

Прэфектуры падзяляюцца на меншыя адміністрацыйныя адзінкі. Гэта акругі Хакайда, адмысловыя гарады, вызначаныя ўказам урада, і паветы. Акругі, якіх налічваецца 14, існуюць толькі ў Хакайда. Для астатніх прэфектур адзінкай падзелу з’яўляецца павет. Да адмысловых гарадоў, вызначаных указамі ўрада, належаць гарады, насельніцтва якіх перавышае 500 тысяч чалавек. Гэтыя гарады ўключаюць Кобэ (1956), Кіёта (1956), Нагоя (1956), Осака (1956), Якагама (1956), Кітакюсю (1963), Фукуока (1972), Кавасакі (1972), Сапара (1972), Хірасіма (1980), Сэндай (1989), Тыба (1992), Сайтама (2003), Сідзуока (2005), Сакаі (2006), Ніігата і Хамамацу (2007). Сталіца Токіа да ліку падобных гарадоў не прыналежыць, таму што з’яўляецца гарадскім кангламератам, а не горадам.

Сучасная сістэма адміністрацыйнага падзелу была ўкаранёна ў перыяд Мэйдзі ў 1871 годзе, у выніку чаго былі скасаваны феоды хан і створаны прэфектуры. Гэтая падзея носіць назву хайхан цікэн (яп. 廃藩置県). Спачатку колькасць прэфектур адпавядала колькасці былых феодаў — больш за 300 адзінак. З часам іх скарацілі да 72, а ў 1888 годзе — да 47. Закон аб мясцовай аўтаноміі даў прэфектурам больш уладарных паўнамоцтваў. Нарэшце, улічваючы імпэтнае развіцце ўрбанізацыі ў Японіі, японскі ўрад разглядае праект рэфармавання прэфектур у 10 больш буйных адміністрацыйных адзінак.

Акрамя прэфектур і паветаў, у краіне існуе адміністрацыйныя адзінкі муніцыпальнага ўзроўню, якія карыстаюцца шырокай аўтаноміяй. Гэта цэнтральныя гарады прэфектур, адмысловыя гарады, уласна гарады, 23 спецыяльныя раёны Токіа, а таксама пасёлкі і вёскі.

Да адмысловых прэфектур можна аднесці Токіа, Кіёта, Осака і Хакайда. У перыяд Эда (1603—1867) сёгунат усталяваў 9 гарадскіх раёнаў, якімі кіравалі чыноўнікі з цэнтра (奉行支配地), і 302 раённых горада, якімі кіравалі гарадскія чыноўнікі (郡代支配地). З надыходам эпохі Мэйдзі 9 гарадскіх цэнтраў былі ператвораны ў акругі фу, а 302 раённых горада — ў прэфектуры кэн. У 1871 г., пасля адміністрацыйнай рэформы, у Японіі былі ўсталяваны 3 гарадскія прэфектуры фу — Токіа, Кіёта і Осака. У 1943 годзе гарадская прэфектура Токіа была перайменавана ў сталіцу то (хоць закона аб сталіцы зацверджана не было). У выпадку з Хакайда абставіны склаліся па-іншаму. Гэты востраў, які японцы называлі Эдзосіма — «востраў айнаў» — знаходзіўся па-за кантролем сёгунаў. Выключэнне складалі нязначныя ўладанні самурайскіх родаў на поўдні вострава. У 1886 годзе ён атрымаў назву «Хакайда», што азначала «Паўночны марскі шлях». Яго паходжанне звязана з назвай старажытных японскіх шляхоў до (道), уведзеных у VII стагоддзі японскім імператарскім урадам. Паколькі ў сярэдзіне XIX стагоддзя большая частка вострава Хакайда была асвоена японцамі, былі ўсталяваны 14 абласцей сіцё, своеасаблівых цэнтраў японскай каланізацыі.

Табліца паказвае падзел на прэфектуры ў парадку па ISO 3166-2:JP

Прэфектуры часта дзеля зручнасці падзяляюць на рэгіёны (вобласці) ціхо (地方). Гэтыя рэгіёны злажыліся гістарычна, яны не маюць адміністрацыйнага апарата і не з’яўляюцца адміністрацыйнымі адзінкамі.

Табліца паказвае агульнапрынятае падзел прэфектур па рэгіёнам з поўначы на поўдзень.

• Інфармацыя аб адміністрацыйным падзеле Японіі тодофукэн (яп.)
• Карта адміністрацыйнага падзелу Японіі (англ.)
• Да праблемы тыпалагізацыі прэфектур (яп.)