بعد سيامته بيوم اجتمع البابا مكاريوس مع اعضاء المجلس الملى وصلى لهم وبعديها باسبوع اتنازل عن ادارة الاوقاف للمجلس الملي
لكن ده خلى اعضاء المجلس ارادوا السيطرة على كل كبيرة وصغيرة بالكنيسة لحد الاكليريكية ..
اعتراض ن المطارنة والاساقفة وغضبواو ده فعله البابا من تسليم الامور للمجلس الملى فعملوا مجمعا مقدسا برئاسة انبا بطرس مطران اخميم وسوهاج فى 22 مايو 1944 وقرروا فى بيان 3 اشياء هامة
اولا المجمع المقدس هو السلطة اللى تسوس الكنيسة ومايقدرش البطاركة بدونها تقرير اى شئ وذلك كما نصت قوانين الرسل والاباء
ثانيا البطريرك قام بتسليم اوقاف الاديرة للمجلس الملى دون استشارة المجمع المقدسلكن ان البابا لم يقبل الاجتماع بالمطارنةو ده دعاهم لعقد المجمع من دونه
تالتا المجلس الملى العام تعدى حدوده واثار الاضطراب بالكنيسة مع اصراره على استلام الاوقاف وعدم اهتمام اعضاؤه بالاصلاحلكن بالسلطة والدعاية
