بعد سنة وبالتحديد في 4 مايو1855 أبحر من سان فرانسيسكو مع 56 تابعا إلى نيكاراغوا حيث تمت دعوته من حد الأطراف المتحاربة هناك لمساعدتهم، وفي نهاية العام نجح في تنصيب نفسه الحاكم الفعلي للبلاد وهي حلقة وصل للسفن بين المحيطين الأطلسي والهادي. وعندما وصل قام كورنيليوس ك. غاريسون وتشارلز مورغان وهم موظفو شركة كورنيليوس فان در بيلت للنقل الإضافي بإعطائه الدعم المادي ليتحكم في الشركة وفي المقابل حاز على أملاك الشركة بعذر مخالفة الاتفاق وأعطاها لغاريسون ومورغان وأصبح رئيسا في 12 يوليو1856 واعترفت واشنطن (كان الرئيس وقتها فرانكلين بيرس) بالحكومة الجديدة، وكسب تأييد الولايات المؤيدة للعبودية في الولايات المتحدة بأن أبطل قانونا يمنع العبودية.
ظل في صراع مع تحالف بلدان أمريكا الوسطى تقوده كوستاريكا والذي كان بتحريض ودعم عملاء شركة فاندربلت حتى 1 مايو1857 عندما قرر الفرار وتسليم نفسه القائد تشارلز هنري دافيس من البحرية الأمريكية وعاد لبلاده لتجنب الوقوع في أيدي الأعداء.
الحملة الأخيرة
قاد بعدها حملة أخرى في نوفمبر 1857 وانطلق من موبيل في ألاباما لكنه اعتقل فور وصوله لبونتا أريناس من قبل الكومودور هيرام بولدينغ من البحرية الأمريكية وعاد لأمريكا كسجين وتم إعطاؤه إطلاق سراح مشروط من قبل الرئيس جيمس بيوكانان.
قام بعدة رحلات فاشلة لأمريكا الوسطى وفي حملته الأخيرة ذهب من موبيل في أغسطس 1860 ونزل في هندوراس حيث اعتقله النقيب سالمون من البحرية البريطانية وسلمه للسلطات الهندوراسية التي حاكمته ونفذت فيه حكم الإعدام رميا بالرصاص يوم 12 سبتمبر1860 وكان عمره 36 سنة.
واكر له عمل صادر عنه يحكي فيه عن الحرب في نيكاراغوا صدر في موبيل عام 1860
.