يوجد في المجهر الجراحي عادة منشور لتفريق الأشعة الضوئية لتسهيل رؤية المساعد للعملية الجراحية أو بهدف السماح بتصوير العملية فوتوغرافياً أو بالفيديو.
عمليات تجرى بمساعدة المجهر الجراحي
من أمثلة العمليات التي تجرى عادة باستخدام المجهر الجراحي إعادة معالجة لب الأسنان (بالإنجليزية: endodontic retreatment)، والتي يساعد التكبير الذي يوفره المجهر في رؤية أفضل لتشريح المنطقة التي يعمل بها الجراح مما يؤدي إلى نتائج أفضل للعملية. ومن الأمثلة الأخرى عملية المفاغرة التي تجرى لتوصيل الأوعية الدموية في جراحة الأوعية الدموية.
التكلفة
يصل سعر المجهر الجراحي إلى عدة آلاف من الدولارات، بينما يبلغ سعر الأنواع المتقدمة منه أضعاف ذلك. ويضاعف من تكلفة الجراحات المجهرية ارتفاع سعر الآلات الجراحية الخاصة التي لا بد من استخدامها في الجراحة الميكروسكوبية.