جاء الوجود الكولومبي الموحَّد بردود فعل مستهجنة في أوساط الأوروبيين المناهضين للحراك الاستقلالي في الأمريكيتين، فلم تنل الجمهورية الكولومبية ذلك الاعتراف الدوليبشرعيتها، فدول كالنمسا وفرنسا وروسيا لم تعترف بوجود كيان استقلالي في الأمريكيتين إلا بمشروطية قبول هذه الدول تكوين أنظمة ملكية تتكون من سلالات أوروبية، كما أن القوى الدولية لم تقبل بالأصل امتداد الحدود الكولومبية وأطماعها التوسعية التي قد تثير الدول الخاضعة تحت الاستعمار الأوروبي ضد المُستَعمر الأوروبي.[8]
انتُخِبَ سيمون بوليفار رئيساً للجمهورية وفرانسيسكو دي باولا سانتاندير نائباً للرئيس. نصَّ الدستور الكولومبي على أن تكون الجمهورية دولة موحدة مركزية، تلا نشأة الدستور صراع داخلي بين من نادى بالحكومة المركزية وكان وراءهم الاتحاديون في الحكومة الحديثة الذين اقترحوا قدراً كبيراً من المركزية لكي تصبح الدولة أكثر قدرة على دخول الحرب من أجل الاستقلال ورئاسة مستدامة متينة، وبين المنادين بالفدراليةاللامركزية، وفي نفس الوقت ظهرت فرقة ثالثة نادت بتطبيق الدستور كوكوتا، إما عن طريق تقسيم الجمهورية إلى جمهوريات صغرى أو التمسك بالمركزية الاتحادية لحكومة أقوى. الفرقة التي نادت بحكم الدستور تكتلت تحت ثوب نائب الرئيس فرانسيسكو سانتاندير، أما الفرقة التي نادت بتكوين رئاسة متينة انطوت في يد سيمون بوليفار. وكان الاثنان صديقين وحليفين في الحروب ضد الحكم الإسباني ولكن من شروع 1825م أصبح خلافاتهما علنية وأدت إلى الاختلال وعدم الاستقرار السياسي منذ ذلك العالم فصاعدا.
في سنين الجمهورية الأولى، ساعدت كولومبيا الكبرى المقاطعات الأخرى في حروبها ضد إسبانيا لنيل استقلالها، وانضمت بنما للاتحاد في عام 1821م وكذلك مقاطعات كيتووفنزويلا، دعمت كولومبيا الكبرى استقلال البيرو في 1824م وفي عام 1826م أعيد انتخاب بوليفاروسانتاندير. وما أن وضعت الحرب مع إسبانيا أوزارها حتى عادت الخلافات لتدب بين الاتحاديين والفيدراليين في الكونغرس الكولومبي من جديد، فكانت الدعوات المستمرة إلى تغييرات في الأقسام السياسية (وما تتضمنه من خلافات اقتصادية وتجارية) خلال فترة حياة كولومبيا الكبرى، أدت إلى تغييرات ومساومات، تلك التغييرات لم تكن لترضي الفرقاء بالكامل وبالتالي لم توطد من دعائم الدولة، كما أظهرت عدم استقرار هيكل الدولة.
حلم بوليفار بتوحيد أمريكا الجنوبية ولكنه لم يستطع تحقيق ذلك خلال الصراع من أجل الاستقلال، وكانت جمهورية كولومبيا الكبرى محاولته الأولى لخلق دولة أمريكية جنوبية واحدة، إلا أن الكثير من السياسيين في أمريكا الجنوبية وغيرها عارضوا فكرته، مما أثار غضب ويأس بوليفار ليستقيل من المشروع عام 1828 ومن الرئاسة عام 1830 وأخيراً تم حل الاتحاد في نفس العام، رغم مجهودات الجنرال رفائيل أوردانيتا في بوجوتا، بسبب الخلافات الداخلية بين المناطق المختلفة والتي استعرت بعد استقالة بوليفار.
وما أن انحل اتحاد كولومبيا الكبرى حتى قام قسم كونديناماركا (كما أعلن في أنجوستورا) كدولة جديدة، جمهورية جرانادا الجديدة. وفي عام 1863 غيرت جرانادا الجديدة اسمها ليصبح رسمياً «الولايات المتحدة الكولومبية». وفي 1886 اتخذت اسمها الحالي «جمهورية كولومبيا». بنما بقت كإقليم في هذه الدولة حتى 1903 عندما استقلت بمساعدة الولايات المتحدة الأمريكية.
^Miranda، Francisco de؛ Josefina Rodríguez de Alonso؛ José Luis Salcedo-Bastardo (1978). Colombeia: Primera parte: Miranda, súbdito español, 1750–1780. Caracas: Ediciones de la Presidencia de la República. ج. 1. ص. 8–9. ISBN:978-84-499-5163-3.
^Arauz، Celestino A؛ Carlos Manuel Gasteazoro؛ Armando Muñoz Pinzón (1980). La Historia de Panamá en sus textos. Textos universitarios: Historia (Panamá). Panama: Editorial Universitaria. ج. 1.