يتألف المسجد من قاعة للصلاة بمساحة 1500م2، وقاعة صغيرة أخرى مساحتها 100م2، بالإضافة إلى صحن المسجد الذي تحيط به الأروقة من جميع الجوانب ومنه البوابات الرئيسية للمسجد. يتبع المسجد دورات مياه ومرافق عامة بالإضافة إلى عيادة صغيرة في الزاوية الشمالية الغربية من المسجد، ويوجد للمسجد ثلاثة مداخل رئيسية للرجال، حيث البوابة الرئيسية من جهة الشمال والتي منها يطل الزائر على مقام جعفر بن أبي طالب، ثم البوابة المرتبطة بأهل المزار حيث امتداد البيوت السكنية، وأما البوابة الغربية التي تتصل بالسوق التجاري وتعتبر النهاية الطبيعية للسوق التجاري الملاصق للمسجد.[3]
أما مقام جعفر، فإن المبنى مُقام خارج قاعة الصلاة حيث يستطيع الزائر دخول مبنى المقام والزيارة دون الحاجة لدخول المسجد مع الحرص على ربط المقام بالمسجد برواق.[3]
.jpg)
.jpg)
