انتخب رئيساً لهيئة رئاسة مجلس الشعب الأعلى في فبراير 1986 م(منصب شرف) واستمر في المنصب حتى قامت الوحدة اليمنية عام 1990 م. ويصف البعض المنصب الأخير بالشرفي لكثرة الخلافات التي اشتعلت في المجلس الرئاسي.
بعد إعلان الوحدة اليمنية
عُيّن رئيساً لوزراء أول حكومة بعد تحقيق الوحدة وقيام الجمهورية اليمنية في 22 مايو 1990 واستمر في المنصب حتى 1994
الصراعات السياسية
عندما انقسم الحزب الاشتراكي اليمني إلى جناحين متصارعين في ما عرف سابقاً باسم جمهورية اليمن الديموقراطية جناح يمثل الرئيس علي ناصر محمد وجناح يُمثّل علي أحمد ناصر عنتر انضم حيدر أبو بكر العطاس إلى جناح علي أحمد ناصر عنتر، وقد تفاقم الصراع بين الجانبين إلى أن اندلعت بينهما أحداث دمويّة وحرب أهلية في يناير عام 1986م عرفت باسم أحداث يناير دامت شهرًا واحدًا ولكنها أسفرت عن قتل أكثر من عشرة آلاف شخص معظمهم من الحزب الاشتراكي، ومقتل عبد الفتاح إسماعيل، وعلي عنتر، وعلي شائع هادي، وعدد آخر من قيادات الحزب، ونزوح الرئيس (علي ناصر محمد) بجيشه إلى الشمال وقد تولّى حيدر أبو بكر العطاس إثر ذلك رئيسًا لهيئة مجلس الشعب الأعلى، وجدد انتخابه في ذات المنصب من نفس العام، وظل في منصبه حتى قيام دولة الوحدة اليمنية 1990م.
وعندما احتدمت الأزمة السياسية بعد إعلان الوحدة اليمنية بأربع سنوات بين الأحزاب الرئيسية في اليمن، حزب المؤتمر الشعبي العام وحزب التجمع اليمني للإصلاح من جهة والحزب الإشتراكي اليمني من جهه أخرى، أسفرت عن حدوث العديد من عمليات الاغتيال لبعض كوادر وقيادات الحزب الإشتراكي اليمني، أعلن بعض قيادات الحزب الاشتراكي اليمني الانفصال في مايو 1994، بتمويل ودعم سعودي وكان لحيدر أبو بكر العطاس دور كبير في إدارة الأزمة وفي إعلان انفصال جنوب اليمن عن شماله وكان له دور كبير في حرب صيف 1994 التي نشبت بين شمال اليمن وجنوبه إثر إعلان الانفصال. حيث عمل العطاس رئيساً لوزراء جمهورية اليمن الديمقراطية في فترة إعلان الانفصال، غير أن هذه الحرب انتهت بهزيمة حركة الانفصاليين، وهروب قادتهم إلى خارج اليمن، ومنهم حيدر أبو بكر العطاس وحكم عليه بالإعدام غيابيًا في عام 1998م، ثم صدر عفو عام عنه وعن جميع قادة الانفصال في مايو2003 م.[3]
