قضى كايبر معظم حياته المهنية جامعة شيكاغو، لكنه انتقل إلى توسن، أريزونا في عام 1960 حيث عمل في «المختبر القمر الكوكبي» ضمن جامعة أريزونا. وقد ظل كايبر مدير المختبر حتى وفاته في عام 1973 عندما كان في عطلة مع زوجته في المكسيك.
قام كايبر في الستينيات بالمساعدة في تحديد مواقع الهبوط على القمر لمراكب برنامج أبولو. وقد اكتشف أيضاً العديد من النجوم الثنائية التي رقمت باسمه، مثل «كاي 79».
التكريم
في عام 1947، مُنح كايبر «ميدالية جانسِن» لعلم الفلك من الجمعية الفلكية الفرنسية.
في عام 1959، مُنح كايبر جائزة «هنري نورّس راسويل» لإلقاء المحاضرت من الجمعية الفلكية الأمريكية.
في عام 1971، تسلّم كايبر الميداليّة الذهبية من معهد فرانكلين والاتحاد الأمريكي للتقدم العلمي.
وأكثر التسميات شيوعاً لمنطقة ضخمة من الأجرام الصغيرة الواقعة خلف نبتون هي "حزام كايبر"، وذلك لأن كايبر اعتقد بأنه من الممكن أن منطقة كتلك من الأجرام الصغيرة والمذنبات قد تكوّنت خلف نبتون قبل اكتشافها. لكن بالرغم من هذا فقد اعتقد أيضًا بأن هذه المنطقة لم تعد موجودة بسبب التأثيرات الجذبوية للكواكب عليها ولتفريقها للأجرام الصغيرة، ومن ثم كان يرى أن الأجرام في هذه المنطقة لم تعد موجودة أو بقي القليل منها.
وقد سميت «جائزة كايبر» نسبة إليه أيضاً، وهي أهم وأعلى جائزة يمنحها قسم العلم الكوكبي ضمن الجمعية الفلكية الأمريكية، وهي جمعية دوليّة من علماء كوكبيّين خبراء. وتمنح الجائزة بشكل سنوي للعلماء الذين قاموا بإنجازات طوّرت فهمنا للأنظمة الكوكبية. ويتضمن رابحوا هذه الجائزة: كارل ساغانوجيمس فان آلنويوجين ميرل شويميكر.