26 منتخب إجمالاً دخل مرحلة التصفيات. رفضت الفيفا دخول منتخبي موريشيوس وموزمبيق بسبب ديونهما المالية المستحقة، مما جعل العدد 24 منتخبًا يتنافس على المقعدين. انسحبت منتخبات توغو ورواندا وليسوتو بعد قرعة المرحلة الأولى، التي حدثت في 12 ديسمبر 1987، قبل لعب أي مباراة. فاز منتخب ليبيا في المرحلة الأولى وصعد إلى المرحلة الثانية ولكنه انسحب في منتصف الطريق عبر المرحلة، مما يعني إلغاء جميع نتائجه التي حققها.
الشكل
المرحلة الأولى: المنتخبات الثمانية الأفضل تصنيفًا حسب الفيفا وهي الجزائر والكاميرون والكونغو الديمقراطية والمغرب وساحل العاج وكينيا ومصر ونيجيريا، ودعت المرحلة الأولى وصعدت إلى المرحلة الثانية مباشرةً. المنتخبات الستة عشر الباقية لعبت مباريات خروج المغلوب ذهابًا وإيابًا. المنتخبات الفائزة ستتأهل إلى المرحلة الثانية.
المرحلة الثانية: المنتخبات الفائزة من المرحلة الأولى انضمت للمنتخبات الصاعدة مسبقًا وانقسمت إلى أربع مجموعات مكونة من أربعة منتخبات. لعبت المنتخبات مباريات ذهاب وإياب. أوائل المجموعات ستتأهل إلى المرحلة النهائية.
المرحلة النهائية: المنتخبات الأربع المتبقية لعبت مباريات خروج المغلوب ذهابًا وإيابًا. المنتخبات الفائزة ستتأهل إلى نهائيات كأس العالم 1990.
ثمان مباريات خروج المغلوب (من جولتين)، تجري بين 16 منتخب ذوي التصنيف الأقل من ضمن المنتخبات الأفريقية. انسحاب ثلاثة منتخبات قللت عدد المباريات إلى 5 مباريات. المنتخبات الفائزة صعدت إلى دور المجموعات للمرحلة الثانية.
المنتخبات التي صعدت من المرحلة الأولى قد انضمت للمنتخبات ذات الترتيب الأفضل للفيفا. انقسمت المنتخبات إلى أربع مجموعات مكونة من أربعة منتخبات ولعبت مبارتي ذهاب وإياب، وأوائل المجموعات سيتأهلون إلى الجولة النهائية.