كانت مدينة بوتو عاصمة للوجه البحرى قبل عصر التوحيد اختصتها مصادر العصور التاريخية في مصر القديمة بحضانة الطفل حورس الذي وضعته أمه إيزيس زوجة أوزوريس بتلك الجزيرة المجاورة لها أخبيت في أحراش الدلتا ليكون تحت رعاية وحماية الآلهة واجت ربة (إلهة) مدينة بوتو وليكون بعيداُ عن بطش عمه ست.
أهم الآثار المكتشفة بها
ومن أهم القطع الأثرية المكتشفة:
تمثالان على هيئة أبو الهول من البازلت يعودان إلى الأسرة التاسعة والعشرين الفرعونية.
تمثال للإله حورس الصقر من أروع التماثيل التي اكتشفت بمصر حتى الآن.
تمثال الكاهن قابع ممسكاُ بيده اليسرى إحدى نباتات الدلتا (الخس) رمزاُ للخصوبة وأمام ساقى الكاهن الثالوث المقدس أزوريس في الوسط كتمثال صغير يقف على قاعدة فوق قدمي الكاهن وعلى يمينه حورس وعلى يساره إيزيس بالنقش.
تمثال من الجرانيت الأسود والمصقول للإله حورس الصقر وقد أبدع الفنان في إظهار أدق تفاصيل الطائر.
إنها كانت عاصمة مصر في عصر ما قبل الأسرات، وكانت تعتبر المصدر الوحيد لإضفاء شرعية الحكم لملوك مصر حيث كان عليهم الذهاب إلى بوتو لتقديم القرابين للإلهة «واجت» ربة المدينة ومانحة السلطة، وتحتوي علي جبانة (بوتو العظيمة) التي وجد بداخلها آلاف التوابيت البرميلية الشكل والآدمية أيضا، ًً وهي أشكال غاية في الندرة منقوش عليها كتابات توضح طقوس دفن الموتى عند قدماء المصريين بالإضافة إلي مجموعة تمائم وحلي، أما منطقة المعابد التي تمتد لمساحة تسعة آلاف متر مربع للأسف لم يكتشف من معابدها سوي معبد الإلهة واجت بينما تؤكد الكتابات الأثرية أن هناك معابد للإلهة إيزيس و الإله حور وآلهة آخرين.
يمتد لمساحة 1000م2 تقريبًا، وهو محاط بسور من الطين اللبن، وهو يعود لعصر ما قبل الأسرات. لكن حدث له إضافات في العصور التالية ويحتوي على بئرين لا تزالان تمتلئان بالمياه الآن؛ وكانتا تستخدمان في التطهير لمقدمي القرابين علي المعبد إلى جانب عدد من التماثيل أهمها تمثال ضخم للملك رمسيس الثاني يرجع لعصر الدولة الحديثة (الأسرة التاسعة عشر) والتمثال الوحيد للإله حور (حورس) الذي يذكرنا بأسطورة إيزيس وأوزوريس ومجموعة من اللوحات النادرة أهمها لوحة تصور الملك تحتمس الثالث وهو يقدم القرابين للإلهة (واجت) يعود لعصر الأسرة الثامنة عشرة وهذه اللوحة تثبت أن تل الفراعين هي بوتو القديمة حيث كانت هناك شكوك في ذلك وبدأ عالم الآثار الإنجليزي (بتري) في عمل مسح شامل للمنطقة عام 1898 حتى عام 1910 لإثبات أن منطقة تل الفراعين هي مدينة بوتو العظيمة.
ثم استكملت بعثة الآثار الإنجليزية العمل في هذا الصدد واكتشفت بئري المياه بالمعبد ثم قامت بعثة هيئة الآثار في عام 1982 بالعمل في منطقة المعبد بالاشتراك مع بعثة قسم الآثار والتاريخ القديم بآداب طنطا، ونجحت في اكتشاف العديد من القطع الآثرية والكتابات الهيروغليفية التي تثبت أن بوتو هي عاصمة مصر السياسية في عصر ما قبل الأسرات، وكانت تنقسم إلي مملكتين هما: مملكة الشمال وعاصمتها (بوتو)، ومملكة الجنوب وعاصمتها (نخن).