في أواخر عام 1999، أصدر رئيس الوزراء الروسي آنذاك فلاديمير بوتين أمراً للجيش والشرطة باقتحام مناطق الشيشان. احتلت هذه القوات معظم المنطقة بحلول سنة 2000؛ ما أسفر عن اشتباكات دامت سنيناً خلّفت وراءها آلاف القتلى والجرحى من الطرفين بالإضافة إلى مئات الآلاف من النازحين. أعلن عبد الحليم سعدلاييف في عام 2005 عن تشكيل جبهة القوقاز للقتال ضد روسيا، وذلك لضمان استمرار الصراع بين المسلمين والروس حتى بعد وفاته، أعلن خلفه دوكو عمروف استمرار الجهاد لإقامة الشريعة الإسلامية في شمال القوقاز وباقي النواحي.
تمتل العامل الأساسي لنجاح الروس في ضبط الأوضاع تحت سيطرتها في الشيشان في تعيين رئيس للمنطقة وكان رمضان قديروف الموالي لموسكو. تنهج الشرطة والقوات شبه العسكرية تحت إدارة قاديروف سياسات قمعية، وانتهاكات لحقوق الإنسان بحسب ما أعلنته المحكمة الأوروبية لحقوق الإنسان وغيرها. تزايدت الهجمات الإرهابية في شمال القوقاز في الفترة مابين 2007-2010، فقتل مايزيد عن 442 شخص في صيف 2009 فقط، بينما قتل 150 شخصا في سنة 2008 بأسرها.[3] وفقا للأرقام الرسمية من قبل الحكومة الروسية، قُتل 235 فردا من وزارة الداخلية وأصيب 686 بجروح وذلك في سنة 2009 [4] يينما قتل أكثر من 541 مسلّحا وأنصارهم وأحتُجز حوالي 600 شخص في نفس السنة[5] غير أن هذه الحوادث تراجعت منذ عام 2010 بالمقارنة مع الفترة مابين 2008 و2009
عرفت الفترة ما بين 2010 و2014، تراجع النشاطات المعادية لروسيا في شمال القوقاز شيئاً فشيئاً، مع تراجع في عدد القتلى بنسبة أكثر من النصف.[6] تُرجح أسباب هذا التراجع بمقتل أغلب القادة المعاديين للروس، استهداف قوات الأمن الخاصة البنى التحتية للانفصاليين، وقتال مسانديهم في مناطق أخرى.[6] تحقيق خاص أجرته رويترز أشار إلى أنه في الفترة قبيل الألعاب الأولمبية الشتوية لسنة 2014 التي نظمتها روسيا، قيام المسؤولون الأمنيون بتشجيع المسلحين على مغادرة روسيا للقتال في الحرب الأهلية السورية، وذلك للتخفيف من هجماتهم الداخلية.[7]
نجمت صراعت شمال القوقاز الحالية عن نتيجيتين مباشرتيين أولاها انهيار الاتحاد السوفيتي والحربين المتواليتين بين روسيا والشيشان. تميزت حرب الشيشان الأولى بنضال قومي من أجل الاستقلال عن روسيا دامت ما بين 1994 و 1996. إنتهى الشطر الأول لهذا الصراع بين القوات الفيدرالية الروسية والشيشانية بتوقيع اتفاق خاسافيورت الذي أعطى للشيشان الحق في الحصول على استقلالهم من الحكم الروسي، وذلك في 30 أغسطس 1996.
بعد الدروس القاسية التي تلقها الروس في الحرب الشيشانية الأولى باث الآن على الروس محاصرة المناطق أو القرى ومن ثم قصف كل من يشتبه حمله لأي سلاح بالصواريخ الباليستيةوالقنابل الفراغية ومن ثم اقتحام القوات البرية والاشتباك مع من تبقى من المسلحين. شهدت معركة غروزني والتي دامت ما بين 1999-2000 مقاومة أكبر هذه المرة، غير أنها لم تدم طويلا فبعد أن حاول حوالي 2000 مقاتل الخروج من المنطقة المحاصرة في فبراير من سنة 2000 كان في طريقهم حقل ألغام كبير كان قد أعدّها الروس تحسبا للسيناريو ما أدى لخسائر فادحة في صفوف المقاتلين. بعد هذه الضربة القاسية توجّه ما تبقى من المقاتلين إلى وديان ومناطق فيدينو و أرغون الجبليتين من أجل شنّ حرب عصابات.
لم تهنأ المنطقة كثيرا في السنوات القادمة. فوفقا للأرقام الروسية، ما بين أبريل 2009 (حيث يُزعم انتهاء «حرب الروس ضد الأرهاب») وأبريل 2010، قُتل 97 جنديا، وقامت القوات الروسية بقتل 189 شخصا بدعوى مساندتهم للمسلحين.[8] إلا أن أعمال العنف تراجعت في 2014 حيث يُقدر مقتل 24 من قوات الأمن الروسية و 24 مسلحا.[9]
شهدت إنغوشيا خلال فترة الحرب هجوما واسعا من قبل المقاتلين الإتغوتشيين والشيشان على أكبر مدنها نازران، أسفر عن مقتل عشرات المدنيين ورجال الأمن والجنود.
على غرار مناطق شمال القوقاز الأخرى، دفعت أعمال القمع الوحشية لرجال الأمن الروسيين الشباب للانضمام للإسلاميين. فحصلت أعمال خطفوتعذيب وقتل لهؤلاء الشباب وأفراد أسرتهم، تحت رئاسة مراد زيازيكوف. نجح خلفه يونس بك يفكيروف (سنة 2008) في إخماذ هذه الأعمال الهمجية، على الرغم من انه أصيب بجروح خطيرة في تفجير انتحاري خلال أول عامٍ له في المنصب. انخفصت في المقابل انتهاكات قوات الأمن الروسية لحقوق الإنسان، لكنها قد تعود في أي لحظة للواجهة.[12]
شكّل إلقاء قوات الأمن القبض على أحمد يوفولايف في يونيو 2010 وأحد كبار قادة إمارة القوقاز الإسلامية ضربة موجعة للجهاديين ما أدى إلى انخفاضٍ ملموس في وتيرة هجماتهم خلال السنوات الخمس التالية.[6] صرّح يونس منتصف 2015 «بأنه قد تم إحباط التمرّد في جمهوريته».[13]
بدأت رغبة جمهورية قربدينيو-بلغاريا في الانفصال في أوائل سنة 2000 بقيادة جماعة اليرموك، وهي جماعة مسلحة نشأت نتيجة القمع الروسي المتزايد للمسلمين.
قامت مجموعة المسلحين في أكتوبر 2005 بشن غارات على عاصمة الجمهورية نالتشيك، أسفرت عن مقتل 142 شخصا، قامت المجموعة أيضا باغتيال عدة مسؤولين حكوميين وضباط شرطة.
شهد 9 سبتمبر 2010، تفجير سيارة ملغّمة في سوق مزدحم بعاصمة أوسيتا-ألانيا، فلاديقوقاز ما أسفر عن مقتل 19 شخصا وإصابة 190 شخصا بجروح. علّق الرئيس ميدفيديف عقِب الهجوم: «سوف نقوم بكل مايمكننا القيام به للقبض على هؤلاء الوحوش، الذين يهاجمون المدنيين العزّل، وإن قاومو ورفدوا الإستسلام سيتم تصفيتهم».
تبنّت ولاية غالغايشو التابعة لإمارة القوقاز الإسلامية العملية، وأفادت أن الهجوم إستهدف «كفار أوسيتيا» في أراضي الأنغوش المحتلّة [15]
