كان أول أمين للمتحف هو تشارلز وليم أندروز1904، ثم تبعه هنري أوربورن1906، بينما كان الدكتور حسن صادق هو أول أمين مصري للمتحف. احتفل المتحف باليوبيل الماسي عام 1979 حيث صدر طابع بريد تذكارى بهذه المناسبة.
يتبع المتحف الهيئة العامة للمساحة الجيولوجية والتي كان الغرض من إنشائها دراسة كل أنواع الصخور والتربة بالأراضي المصرية والرواسب المعدنية وغيرها مما له قيمة اقتصادية بالأراضي المصرية. وتم إنشاء المتحف الجيولوجي المصري في عام 1901 كأحد أقسام المساحة الجيولوجية في مبنى على الطراز اليوناني-الروماني داخل حديقة وزارة الأشغال وافتتح للجمهور في الأول من ديسمبر عام 1904 حيث ضم حفريات لحيوانات فقاريةوثديية جمعت من محافظة الفيوم عام 1898.
ظل المتحف في مكانه حتى عام 1982 حين تم هدم المبنى الأصلي لإنشاء مترو أنفاق القاهرة. نقلت مقتنيات المتحف إلى موقعه الحالي بمنطقة أثر النبي على كورنيش النيل.[2]
مقتنيات المتحف
توزع المقتنيات بصالات العرض بالمتحف، وتعرض بطرق علمية حديثة ويشرف عليها مجموعة من الجيولوجيين، وهي صالة عرض المعادنوالصخور, ويعرض فيها مجموعة كبيرة من المعادن والخامات المعدنية بمصر، مرتبة ومصنفة وفقا لأحدث التقسيمات، ومن المعروضات بالصالة مجموعة من الأحجار الكريمة ومجموعة من الكهرمان والأصداف المشغولة والخاصة بالأسرة الملكية السابقة ومجموعات مهداة من الياقوتوالسافير الطبيعي والصناعي.
يوجد بالمتحف العديد من الحفرياتالفقارية علاوة على هيكل عظمي كامل لحوت من نفس النوع الذي تم اكتشافه سنة 1901 بواسطة العالم الإنجليزي بيدنل، إضافة إلى اكتشاف العالم جورج شفينفورث عام 1879 عن أول عظام متحجرة في بحيرة قارونبالفيوم.
