افتتح المتحف في 17 أكتوبر1892م[4]، ونظراً لعدم اتساع المتحف آنذاك لهذا العدد من الاثار، قررت بلدية الإسكندرية بناء متحف الإسكندرية الحالي القائم بشارع فؤاد وكان المبنى من تصميم ديتريش وستيون. افتتحه الخديوعباس حلمي الثاني، وكان عدد قاعته حوالي 11 قاعة.
تعرض آثاره حاليا في 27 صالة منفصلة كما تعرض في المتحف مقتنيات فرعونية أحضرت من القاهرة ومقتنيات مصرية أخرى أحضرت من الفيوم تمثل لوحات مومياوات الفيوم، المتحف مبني علي طراز المباني الإغريقية السائد في الإسكندرية القديمة، ويوجد في شارع فؤاد في المدينة.
يرجع تاريخ معظم المجموعات الموجودة في المتحف إلى الفترة من القرن الثالث ق.م إلى القرن الثالث الميلادي، وهى شاملة لعصري البطالمة والرومان. صُنِّفَتِ المجموعات ونُظِّمَت في 20 قاعة، ووُضِعَت بعض القطع في الحديقة الصغيرة بداخل المتحف. ويزيد عدد القطع الأثرية بالمتحف على 45 ألف قطعة، معروض منها حوالى 20 ألف قطعة.