مراد الثاني أو مراد باي الثاني ثالث البايات المراديين بتونس، تولى الحكم من عام 1666 م إلى وفاته عام 1675 م. وهو ابن حمودة باشا.
قتله إبراهيم الشريف، آغا الصبائحية، عام 1675 م بمسدس. ترك مراد باي الثاني إثر وفاته، ثلاثة أبناء، هم محمد باي الثاني وعلي باي الأول ورمضان باي، وهم الذين تخاصموا (خاصة منها الأوّلان) على الحكم، شاركهم فيها خالهم محمد الحفصي باشا. أسفرت هذه الخصومات على فترة طويلة من الحرب الأهلية. قضى إبراهيم الشريف على كافة أبناء وأحفاد حمودة باشا، وتولى الحكم بتونس.
من بين الإنجازات التي قام بها مراد الثاني المدرسة المرادية وجامع بقابس وجامع مراد باي الحنفي بمدينة باجة.