نظرياً، قد يصل عدد الاتحادات الأعضاء المشاركة في الكاف إلى 55 في مسابقة كأس الأتحاد الأفريقي لكرة القدم 2012، على أن تكون الاتحادات الإثني عشرة الأفضل في تصنيف الاتحاد الأفريقي الممتد لخمس سنوات مؤهلة لإشراك فريقين في البطولة. وسيستخدم الكاف التصنيف الذي يستند لنتائج الأندية في التصنيف السنوي المخصص من 2006–2010. نتيجة لذلك، الحد الأقصى لعدد الفرق التي ممكن أن تدخل في المسابقة هو 67 – على الرغم من أنه لم يتم اجتياز هذا الرقم على الإطلاق.
يحتسب الكاف نقاط كل اتحاد استناداً إلى أداء أنديتهم لمدة 5 سنوات في دوري أبطال أفريقيا وكأس الاتحاد الأفريقي لكرة القدم، ولا يؤخذ بعين الاعتبار أدائهم في العام الحالي. معايير الحصول على نقاط حسب التالي:[1]
تظهر في الأدنى قائمة المشاركين بالمسابقة. البلدان تظهر وفقا لتصنيف اتحادات الأعضاء في الكاف والذي يمتد لخمس سنوات وذلك من 2006–2010 – ويبين عدد النقاط والمراكز للاتحادات التي تتفوق في التصنيف استناداً لنتائجهم في البطولات الماضية. الفرق من هذه البلدان مصنفة حسب التصنيف السنوي المخصص من 2006–2010. الفرق الستة عشر التي تملك التصنيف الأفضل (تظهر بالخط العريض) تم اعفائها من خوض الدور الأول التأهيلي.
† وفقا للصيغة الحسابية لتصنيف اتحادات الأعضاء في الكاف يتقاسم لك من أنغولا، ساحل العاج وزامبيا المركز الثاني عشر وب 13 نقطة. كما جاء في تقارير لوسائل الإعلام المحلية، تم تخصيص مقعدين لساحل العاج[2] بينما لدى أنغولا وزامبيا مقعد واحد.[3][4]
الفرق الغير مصنفة ليس لديها إي نقطة وبالتالي يتساوون بالمركز التاسع عشر.
تم الإعلان عن مباريات أدوار التصفيات التمهيدي والأول والثاني يوم 9 ديسمبر 2011.[7]
يحسم فائزي المواجهات عن طريق مباراتين، حيث تستخدم الأهداف في كلا المباراتين لتحديد الفائز. إذا كان الفريقين متعادلين بالنتيجة الاجمالية بعد المواجهة الثانية بينهما، سيتم تطبيق قانون الأهداف خارج القواعد، وإذا لا زال التعادل هو سيد الموقف، سيلجأ الفريقين مباشرة إلى ركلات الترجيح (لا يتم لعب وقت إضافي).[8]
في الدور الفاصل لعب الفائزين من الدور الثاني ضد الخاسرين من الدور الثاني لدوري أبطال أفريقيا 2012.[8] استضاف المواجهة الثانية الفائزون من الدور الثاني لكأس الاتحاد الأفريقي لكرة القدم.
أقيمت قرعة الدور الفاصل ودور المجموعات يوم 15 مايو 2012، 14:00 ت ع م+02:00، في مقر الكاف بالقاهرة.[9] في قرعة دور المجموعات صنف فريقين من بين الفرق الثمانية في الدور الفاصل (باستخدام ترتيب الفرق السنوي المخصص من 2007–2011)[10] إلى الوعاء 1 والفائزين من المواجهات المتبقية صنفوا في الوعاء 2. تحتوي كل مجموعة على فريق واحد الوعاء 1 وثلاثة فرق من الوعاء 2.[11]