في عام 1994، تزوجت ميلر من الممثل ويل أرنيت. انفصلا عام 1995.[3]
تزوجت ميلر من جيمس هوجينز، ولديهما ابنتان: إلويزا ماي وماريا أديلا.[4] في 14 مارس 2012، تقدم ميلر بطلب الانفصال القانوني عن هوجينز بعد 12 عامًا من الزواج.[5] في 15 يونيو 2012، سحبت ميلر طلبها للانفصال.