Share to: share facebook share twitter share wa share telegram print page

Polimorfisme panjang fragmen teramplifikasi

Polimorfisme panjang fragmen teramplifikasi (bahasa Inggris: Amplified Fragment Length Polymorphism, AFLP) adalah teknik dalam biologi molekuler yang digunakan untuk penandaan genetik berbasis hasil amplifikasi (perbanyakan) PCR terhadap potongan-potongan (fragmen) DNA yang terbentuk akibat aktivitas enzim restriksi tertentu.[1] Oleh pembuatnya, AFLP dimaksudkan sebagai salah satu alat untuk pengujian DNA.

AFLP memperbaiki sejumlah kelemahan RFLP, seperti proses yang memakan waktu dan banyaknya kuantitas DNA yang dibutuhkan. Dalam AFLP, berkas DNA sampel dipotong oleh sepasang enzim restriksi. Selanjutnya PCR selektif dilakukan menggunakan primer yang memiliki adapter yang bersesuaian dengan lokasi restriksi. Hasil amplifikasi ini lalu dideteksi melalui elektroforesis gel. Teknik ini menghasilkan penanda yang berperilaku dominan, seperti RAPD, namun lebih stabil seperti RFLP. Frekuensi polimorfismenya jauh lebih tinggi daripada RFLP dan pelaksanaannya juga lebih cepat.

AFLP adalah merek dagang yang hak patennya dipegang oleh Keygene, perusahaan bioteknologi asal Belanda.

Prinsip kerja

Skema primer AFLP. Primer AFLP merupakan pasangan (komplemen) dari adapter, titik restriksi, dan inti primer.

Secara garis besar, prosedur AFLP dipilah menjadi tiga tahap pokok:

  1. Pemotongan (digesti) oleh enzim restriksi dan penempelan (ligasi) adapter
  2. Perbanyakan (amplifikasi) selektif atas potongan-potongan DNA
  3. Analisis hasil amplifikasi lewat elektroforesis gel

Pemotongan dan penempelan

Pemotongan DNA dilakukan dengan bantuan sepasang enzim restriksi yang berbeda frekuensi pemotongannya. Salah satu enzim yang dipakai adalah enzim yang diketahui memiliki titik restriksi (pemotongan) yang jarang dan enzim lainnya diketahui memiliki titik restriksi yang lebih sering dijumpai. Pasangan enzim restriksi yang umum dipakai adalah EcoRIII (jarang) dan MstI (sering) atau EcoRI (jarang) dan MseI (sering). Selanjutnya fragmen DNA hasil pemotongan ditempelkan (ligasi) dengan DNA adapter yang terdiri dari sekuens inti (core sequences) dan sekuens spesifik dari enzim yang digunakan.[1]

Perbanyakan (amplifikasi) selektif

Amplifikasi selektif dengan PCR dilakukan dengan menggunakan primer yang terdiri dari DNA adaptor (sekuens inti dan sekuens spesifik enzim) dan tiga nukleotida.[1] Penambahan panjang primer dengan tiga nukleotida dimaksudkan agar fragmen DNA yang teramplifikasi akan lebih spesifik karena hanya fragmen yang cocok atau berkomplemen saja yang akan ditempeli primer.[1] Ini berarti penambahan nukleotida akan memperkecil jumlah polimorfisme (variasi) dari fragmen DNA.[2]

Analisis dengan elektroforesis gel

Hasil amplifikasi PCR selektif akan divisualisasi dengan menggunakan teknik elektroforesis gel.[1] Gel yang biasa digunakan untuk AFLP adalah poliakrilamida.[1] Pola DNA pada gel akan diwarnai kemudian hasil berupa pita DNA dapat dilihat.[1]

Kelebihan dan Kekurangan

Teknik AFLP memiliki beberapa kelebihan, yaitu tidak memerlukan pengetahuan atau data tentang sekuens DNA genom yang akan dianalisis, hanya memerlukan sampel DNA dalam jumlah yang sedikit, teknik ini dapat digunakan untuk berbagai jenis sampel DNA, penanda yang dihasilkan lebih dapat dipercaya dan hasil pengulangan lebih baik jika dibandingkan dengan RAPD.[3] Kekurangan dari AFLP adalah penanda DNA yang dihasilkan hanya bersifat dominan.[2]

Penggunaan

AFLP merupakan teknik yang relatif mudah dikerjakan dan, dibandingkan dengan penanda-penanda berbasis PCR lainnya, murah per satuan polimorfismenya. Penggunaannya sebagai alat pengujian DNA masih bersaing ketat dengan mikrosatelit (SSR atau STR) atau minisatelit. Penggunaan yang lebih luas ditemukan dalam kajian struktur populasi dan pemetaan genetik. Ia dapat diaplikasikan untuk melihat perbedaan dan pelacakan hingga ke tingkat galur mikroorganisme yang berada dalam satu spesies, deteksi polimorfisme DNA untuk studi evolusi genom, melihat kekerabatan antara organisme patogen dalam kajian epidemiologi, pemetaan potongan DNA hasil kloning, dan kajian sistematika molekuler.[3]

Referensi

  1. ^ a b c d e f g Pieter Vos, Rene Hogers, Marjo Bleeker, Martin Reijans, Theo van de Lee, Miranda Hornes, Adrie Frijters, Jerina Pot, Johan Peleman, Martin Kuiper, Marc Zabeau (1995). "AFLP: a new technique for DNA fingerprinting" (PDF). Nucleic Acids Research. 23 (21): 4407–4414. 
  2. ^ a b AFLP: Principle and Application
  3. ^ a b AFLP™ Microbial Fingerprinting: Protocol, Applied Biosystems
Baca informasi lainnya:

Прокопець Георгій МефодійовичДата народження 2 січня 1922(1922-01-02)Місце народження Краснодар, Російська СФРРДата смерті 12 травня 2001(2001-05-12) (79 років)Місце смерті Київ, УкраїнаГромадянство  СРСР УкраїнаAlma mater Всеросійський державний інститут кінематографіїПрофесія худож…

Canadian inventor George Johann KleinOC, OBEBorn(1904-08-15)August 15, 1904Hamilton, Ontario, CanadaDiedNovember 4, 1992(1992-11-04) (aged 88)Ottawa, OntarioNationalityCanadianEducationUniversity of TorontoKnown forInvention of the Canadarm, power wheelchair, microsurgical staple gun, ZEEP nuclear reactorAwardsCanadian Science and Engineering Hall of Fame inductee, Order of Canada, Order of the British Empire George Klein (back) and his electric wheelchair in 1953 George Johann Klein, …

For the French acquisition, see French conquest of Senegal. British capture of SenegalPart of Seven Years' WarA map of depecting the various kingdoms of Senegambia in 1707, by Guillaume Delisle.In the 18th century, France only controlled the city of Saint-Louis and the island of Gorée.DateApril – May 1758LocationSaint-Louis, Senegal16°02′00″N 16°30′00″W / 16.0333°N 16.5000°W / 16.0333; -16.5000Result British victoryBelligerents  Great Britain  Fra…

  لمعانٍ أخرى، طالع المتمردة (توضيح). المتمردة تاريخ الصدور 2015 مدة العرض 80 دقيقة البلد  المغرب اللغة الأصلية الفرنسية، لهجة مغربية الطاقم المخرج جواد غالب الكاتب جواد غالب البطولة صوفيا مانوشا، بنيامين رامون، هاند كودجا، نادج ويداوكو تعديل مصدري - تعديل   المتمردة …

Untuk acara televisi Amerika Serikat, lihat The Late Late Show (serial TV CBS). The Late Late ShowKartu judul The Late Late Show, 2009SutradaraNiamh WhitePresenterGay Byrne (1962–1964, 1965–1999) Frank Hall (1964) Pat Kenny (1999–2009, 2013) Ryan Tubridy (2009-) Penggubah lagu temaChris Andrews, arranged by Brian Byrne[1]Lagu pembukaTo Whom It Concerns (bagian instrumental) (1970-an–1999, 2009–sekarang)Lagu penutupThe Late Late Show oleh Nat King Cole (hingga 1999)Negara asalIr…

Maja Stage Nielsen Maja Stage Nielsen (2023)Datos personalesNacimiento Esbjerg, Dinamarca24 de julio de 1988 (35 años)Carrera deportivaRepresentante de Dinamarca DinamarcaDeporte TriatlónDuatlón               Medallero Triatlón de media distancia femenino Evento O P B Campeonato Europeo 0 2 1 Duatlón de larga distancia femenino Evento O P B Campeonato Europeo 0 1 1 [editar datos en Wikidata] Maja Stage…

Dimitri Vegas & Like Mike ЗображенняОсновна інформаціяМісце народження Віллебрук, БельгіяРоки активності 2008 – дотеперІнструменти КлавіатуримікшерсинтезаторЖанр Електро-хаузbig room houseПрогресив-хаусEDM-трепПсиходелічний трансФ'юче-хаусмумбатонФьюче-бейсДіп-хаузЧилаутДенс-попЛе…

British Army general, later civil servant For the British scholar and translator of Japanese novels, see Kenneth Strong (translator). Sir Kenneth StrongMajor General Kenneth StrongBorn(1900-09-09)9 September 1900Montrose, AngusDied11 January 1982(1982-01-11) (aged 81)Eastbourne, East SussexAllegiance United KingdomService/branch British ArmyYears of service1920–1947RankMajor-GeneralService number6897UnitRoyal Scots FusiliersCommands held4th/5th Battalion Royal Scots Fusilie…

Perintah kriminal adalah nama kolektif yang diberikan kepada serangkaian perintah, arahan, dan keputusan yang diberikan sebelum dan selama invasi Uni Soviet pada Perang Dunia II oleh Komando Tinggi Wehrmacht. Perintah pidana melampaui kode etik yang ditetapkan dan menyebabkan kekejaman yang meluas di Front Timur. Perintahnya Keputusan Barbarossa, dikeluarkan 13 Mei 1941 Pedoman Perilaku Pasukan di Rusia, dikeluarkan 19 Mei 1941 Perintah Komisaris, dikeluarkan 6 Juni 1941 Perintah Mengenai Penemp…

Soto KudusSoto Kudus disajikan bersama nasi putihTempat asalIndonesiaDaerahKudus, Jawa TengahBahan utamaDaging ayam atau sapitaoge  Media: Soto Kudus Soto Kudus (Hanacaraka: ꦱꦺꦴꦠꦺꦴ​ꦏꦸꦢꦸꦱ꧀) adalah soto yang berasal dari Kudus, Jawa Tengah . Soto kudus, hampir mirip dengan soto Lamongan, soto kudus berisi suwiran ayam dan taoge.[1] Terkadang soto kudus juga menggunakan daging kerbau. Kuahnya lebih bening.[1] Soto kudus dalam penyajiannya memiliki …

أي قلعة سي تقسيم إداري البلد إيران  إحداثيات 36°19′34″N 47°22′26″E / 36.32611111°N 47.37388889°E / 36.32611111; 47.37388889  السكان التعداد السكاني 148 نسمة (إحصاء 2016) تعديل مصدري - تعديل   أي قلعة سي هي قرية في مقاطعة تكاب، إيران.[1] يقدر عدد سكانها بـ 148 نسمة بحسب إحصاء 2016.[2] مراج…

President of the United States from 1981 to 1989 Reagan redirects here. For other uses, see Reagan (disambiguation) and Ronald Reagan (disambiguation). Ronald ReaganOfficial portrait, 198140th President of the United StatesIn officeJanuary 20, 1981 – January 20, 1989Vice PresidentGeorge H. W. BushPreceded byJimmy CarterSucceeded byGeorge H. W. Bush33rd Governor of CaliforniaIn officeJanuary 2, 1967 – January 6, 1975[1]Lieutenant Robert Finch(1967–1969)[…

Países del LoiraPays de la LoireBroioù al Liger Región Montsoreau, valle del Loira BanderaEscudo Países del Loira Coordenadas 47°25′03″N 0°51′18″O / 47.4175, -0.855Capital NantesIdioma oficial FrancésEntidad Región • País  FranciaPresidenta regional Christelle MorançaisDepartamentos Loira AtlánticoMayenneMaine y LoiraSartheVandeaDistritos 16Comunas 1235Superficie   • Total 32082 km²Población (2022) Puesto 8.º • Total 3…

Cette liste est incomplète ou mal ordonnée. Votre aide est la bienvenue ! Cet article donne une liste des voies du 7e arrondissement de Paris, en France. Plan du 7e arrondissement de Paris. Liste A Sommaire : Haut - A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z Voie A/7 (Voie sans nom de Paris) Allée Adrienne-Lecouvreur Rue Albert-de-Lapparent Pont Alexandre-III Rue Allent Cité de l'Alma Pont de l'Alma Rue Amélie Avenue Anatole-France Quai Anatole-France Place Andr…

Australian comedian and author This article includes a list of general references, but it lacks sufficient corresponding inline citations. Please help to improve this article by introducing more precise citations. (January 2010) (Learn how and when to remove this template message) Steve AbbottSteve Abbott (background) and Paul LivingstonBornStephen Abbott (1956-03-24) 24 March 1956 (age 67)Broken Hill, New South Wales, AustraliaOther namesThe Sandman Stephen Abbott (born 24 March 1956,…

Elm cultivar Ulmus parvifolia 'Drake'Autumnal foliage, U. parvifolia 'Drake'SpeciesUlmus parvifoliaCultivar'Drake'OriginUS The Chinese Elm cultivar Ulmus parvifolia 'Drake' was marketed by the Monrovia Nursery of Azusa, California from 1952 to 1953. Description The tree has upright, spreading branches bearing dark-green leaves.[1] 'Drake' is also distinguished by having a bark that begins exfoliating at a relatively young age [1]. Pests and diseases The species and its cultivars are high…

English words that indicate a question is being asked, as a grammatical category Part of a series onEnglish grammar MorphologyPluralsPrefixes (in English)Suffixes (frequentative) Word typesAcronymsAdjectivesAdverbs (flat)ArticlesCoordinatorsCompoundsDemonstrativesDeterminers (List here)ExpletivesIntensifierInterjectionsInterrogativesNounsPortmanteausPossessivesPrepositions (List here)Pronouns (case · person)SubordinatorsVerbs VerbsAuxiliary verbsMood (conditional · imperative · subjunctive)As…

This article is about the local government area. For the regional town, see Walcha, New South Wales. Local government area in New South Wales, AustraliaWalcha ShireNew South WalesLocation in New South WalesCoordinates30°59′S 151°36′E / 30.983°S 151.600°E / -30.983; 151.600Population 3,092 (2016 census)[1] 3,132 (2018 est.)[2] • Density0.49338/km2 (1.27784/sq mi)Established1 June 1955 (1955-06-01)Area6,267 k…

Naval warfare branch of Brazil's military forces This article may contain excessive or inappropriate references to self-published sources. Please help improve it by removing references to unreliable sources where they are used inappropriately. (February 2019) (Learn how and when to remove this template message) Brazilian NavyMarinha do BrasilEmblem of the Brazilian NavyFounded1822; 201 years ago (1822)Country BrazilTypeNavyRoleNaval warfareSize80,507 personnel (incl 16,000…

Japanese mixed martial arts organization For the 2023 season, see 2023 in Rizin Fighting Federation. Rizin Fighting FederationTypePrivateIndustryMixed martial arts promotionFounded2015; 8 years ago (2015)FounderNobuyuki SakakibaraHeadquartersMinato-ku, Tokyo, JapanKey peopleNobuyuki SakakibaraNobuhiko TakadaParentDream Factory WorldwideWebsitejp.rizinff.com/_tags/English Rizin Fighting Federation (stylised in all caps and also known as Rizin FF) is a Japanese mixed martial arts…

Kembali kehalaman sebelumnya

Lokasi Pengunjung: 13.59.136.170