Pada 8 September 1955, Kardinal Kung, bersama dengan beberapa ratus imam dan pemimpin gereja, ditangkap dan ditahan. Ia dikenai hukuman lima tahun penjara kemudian sampai seumur hidup karena aktivitas perlawanan revolusioner-nya.
Kung secara in pectore diangkat menjadi Kardinal dalam konsistori 1979 oleh Paus Yohanes Paulus II. Rumusan in pectore digunakan ketika seorang paus mengangkat seorang kardinal tanpa mengumumkannya secara luas dalam rangka melindungi keselamatan kardinal tersebut dan kongregasinya. Setelah ia dibebaskan pada 1986, ia berada dibawah penahanan rumah sampai 1988. Kung diberitahukan bahwa ia diangkat menjadi kardinal dalam sebuah pertemuan pribadi dengan Paus di Vatican City pada 1988, dan pengangkatannya menjadi anggota Dewan Kardinal diberitahukan kepada masyarakat pada tahun 1991.[1] Meskipun demikian, karena ia telah berusia 80 tahun, ia tidak memiliki hak untuk ikut dalam sebuah konklaf.
Paul Philip Mariani. Church Militant Bishop Kung and Catholic Resistance in Communist Shanghai. (Cambridge, MA.: Harvard University Press, 2011). ISBN 978-0-674-06317-4.