Balai Semandang pada awalnya termasuk dalam Paroki Santo Martinus Balai Berkuak, tetapi pada tahun 1993, status itu diubah menjadi Pra Paroki Santo Gabriel Balai Semandang. Pastor Setefanus Magut, Pr, ditunjuk untuk melayani Pra-Paroki Balai Semandang dan tinggal di Balai Semandang pada saat itu.
Sampai tahun 1995, Bapak Simon Petrus menjabat sebagai ketua Dewan Pra-Paroki. Karena masa jabatan Ketua Dewan Pra Paroki telah berakhir, pemilihan untuk Ketua Dewan Pra Paroki Santo Gabriel Balai Semandang, yang dilakukan oleh Pastor Made Sukartia, Pr. Dibentuklah panitia untuk memilih calon Ketua Dewan Pra-Paroki. Tim formatur pemilihan dibentuk dan pengumuman dibuat bagi orang-orang yang ingin menjadi calon Ketua Dewan Pra Paroki. Terdaftarlah kandidat seperti Pilatus Conto, Yulianus Tansi, Y. Sonto, dan C. Sonto.
Kegiatan pemilihan pemungutan suara oleh umat langsung di kring-kring, yang meliputi Kring: Balai Semandang, Lubuk Buntar, Deraman, Setutuh, Pantong, Paser, Gang Paser, Tolus. Setelah pemilihan dilakukan di kring-kring sudah selesai, tim formatur menghitung jumlah suara dimasing-masing calon, yang mendapat suara terbanyak adalah Bapak Pilatus Conto.
Setelah terpilih sebagai ketua Dewan Pra Paroki Santo Gabriel yang terbaru, maka disusunlah struktur Dewan Pra Paroki Santo Yohanes periode 1995 sd 1998, sebagai berikut Pastor Pra Paroki Stefanus Maggut, Pr, Ketua Dewan Pra Paroki Pilatus Conto Wakil Ketua, Sekretaris Kornelius Kolik, Bendahara di rangkap oleh Pastor Paroki saat itu sedang beberapa seksi yakni seksi Liturgi dipercayakan kepada bapak Simon Petrus, seksi Pewartaan Lukas Pujin, Seksi Iman dan Adat Bapak Sinsang dan Yulianus Tansi, seksi Usaha Dana Lanius Emanuel, ketua WK Ambonia.
Program kerja Dewan Pra Paroki yang baru mencakup kegiatan Misa mingguan dan hari raya lainnya; mempersiapkan Paskah dan Natal; dan kunjungan pelayanan ke stasi-stasi dan kujungan ke Kring-kring wilayah Pusat. Program kerja utama yang menjadi prioritas adalah rencana pemekaran Pra Paroki Balai Semandang menjadi Paroki Santo Yohanes Balai Semandang.
Proses pemisahan data umat di Paroki Santo Martinus Balai Berkuak dan Pra Paroki Santo Yohanes Rasul Balai Semandang juga merupakan bagian dari program kerja prioritas tersebut. Selain itu, pemetaan pelayanan pra-paroki Balai Semandang juga dilakukan. Pemetaan tersebut mencakup Balai Semandang, stasi Kuala Randau, stasi Sungai Bansi, stasi Giet, stasi Kek Reka, stasi Legong, stasi Kenanga, stasi Kelipur, stasi Baram, dan stasi Tolus. Program kerja yang harus dilaksanakan dengan baik mencakup rencana pembangunan Gereja Baru, persiapan Sakramen Krisma, persiapan Peresmian Gereja Baru, penetapan Pra Paroki Santo Yohanes Rasul Balai Semandang menjadi Paroki, dan persiapan pelantikan Prodiakon Pilatus Conto dan Simon Petrus.
Pada tanggal 30 Juni 1997, bersamaan dengan peresmian Gedung Gereja yang baru, Bapak Uskup Ketapang, Mgr. Blasius Pujaraharja menetapkan status baru sebagai Paroki St. Yohanes Balai Semandang. RD. Stefanus Magut yang saat itu melayani pra-paroki, menjadi Pastor Paroki yang pertama di paroki ini. Setelah memiliki gedung gereja yang lebih representatif dan memenuhi kebutuhan umat yang terus berkembang itu, gedung gereja lama (Kapel Santo Gabriel), kemudian dimodifikasi untuk bangunan Pastoran. Hingga saat ini, eks gedung gereja pertama itulah yang berfungsi sebagai gedung pastoran, yang kemudian dilengkapi pula dengan kantor secretariat dan ditambah pula bangunan gedung pertemuan paroki.
Perkembangan umat terus bergerak. Stasi-stasi pun mulai dimekarkan. Stasi pemekaran baru itu misalnya: Stasi Tolus, Stasi Gebok, Stasi Setarah, Stasi Titi Dadak, Stasi Jampan. Umat di kring-kring area pusat paroki pun makin bertambah dan kapasitas serta kondisi gedung gereja paroki sudah memerlukan pembaruan. Tepat pada peringatan pesta perak sebagai paroki, pada tanggal 30 Juni 2022, diresmikanlah gedung gereja yang baru. Gedung gereja baru inilah yang sekarang menjadi pusat paroki; sementara gedung gereja sebelumnya (gedung gereja kedua) kemudian diubah statusnya menjadi bangunan profan dan dihibahkan kepada Tarekat Suster-suster SFD menjadi rumah biara para suster SFD yang berkarya di Balai Semandang.
