Bangunan gereja terbagi atas beberapa lantai/tingkat. Lantai pertama digunakan sebagai lahan parkir yang juga dapat digunakan sebagai tempat kegiatan. Terdapat juga klinik kesehatan pada lantai dasar. Lantai kedua terdiri atas bagian depan dan bagian belakang. Pada bagian depan terdapat sebuah gua Maria, sementara bagian belakang digunakan untuk beberapa kegiatan dan menyatu dengan lokasi sekretariat serta pastoran. Terdapat juga sebuah kapel dan toko rohani.
Lantai ketiga merupakan bangunan utama gereja yang dapat menampung sekitar 1.500 hingga 2.000 umat. Interior bangunan menggunakan bidang lipat dengan bentuk atap yang asimetris.[4]
Imam paroki
Saat Gereja Santa Maria Regina masih merupakan stasi dari Paroki Bintaro, peribadatan dipimpin oleh para imam Xaverian. Sejak menjadi paroki, Paroki Bintaro Jaya dikelola oleh para imam diosesan (projo) Keuskupan Agung Jakarta.[3] Adapun pastor kepala paroki pertama, R.D. Heribertus Warnata Natawardaya merupakan imam diosesan Keuskupan Agung Semarang dan telah bertugas di Markas Besar TNI Jakarta sejak April 1991.
Adapun para imam yang pernah menjabat sebagai pastor kepala adalah sebagai berikut.
R.D. Heribertus Warnata Natawardaya (2010–2013)
R.D. Alphonsus Setya Gunawan (2013–2018)
R.D. Kristoforus Lucky Nikasius (2018–2023)
R.D. Bernardus Hardijantan Dermawan (sejak 2023)
Adapun para imam yang pernah menjabat sebagai pastor rekan adalah sebagai berikut.
