清华大学最初由清政府学部和外务部直管，中华民国成立后设立董事会并实行校长领导制度。中华人民共和国成立后，清华大学增设中共党委书记并设立校务委员会，实行党委领导下的校长负责制。

• 1911年4月-1917年9月，监督/校长总理一切行政。
• 1917年9月-1929年6月，逐步推行董事会领导制度。
• 1929年6月-1937年7月，校长领导制。
• 1937年10月-1946年7月，西南联大时期，常务委员会领导制。1938年12月后，清华校长梅贻琦一直担任常务委员会主席。
• 1946年8月-1948年12月，恢复校长领导制。
• 1948年12月-1952年9月，由校务委员会主持校务工作制。
• 1952年10月-1956年5月，校长负责制。
• 1956年5月-1966年6月，先后实行党委领导下的校长负责制、党委领导下校务委员会负责制、党委领导下以校长为首的校务委员会负责制。
• 1966年6月-1966年8月，党委及各级干部被工作组“打倒”，工作组代行党委职权。
• 1966年8月-1968年7月，最初校文革临时筹委会主持校务，9月改为校文革代表大会临时主席团，不久后，清华大学红卫兵井冈山兵团掌握學校大部分領導權。
• 1968年7月-1969年1月，首都工人、解放军毛泽东思想宣传队（工宣队）接管领导权。
• 1969年1月-1976年10月，清华大学革命委员会成立并接管学校工作，但基本为工宣队成员。1972年1月，工宣队组织成立清华大学党委会，与革委会共同掌权。1976年10月，工宣队主要头目被开除党籍、公职并公审，中共北京市委派联络组进校，委任党委会、革委会成员。
• 1978年6月-1988年9月，取消革委会，实行党委领导下的校长分工负责制，向校长负责制过渡。
• 1988年9月-，校长负责制^[1]。

校名	负责人姓名	照片	职务	任期
清华学堂 1911年2月 - 1912年10月	周自齐		监督	1911年2月 - 1912年4月
	唐国安[2]		监督	1912年4月 - 1912年10月
清华学校 1912年10月- 1928年8月			校长	1912年10月 - 1913年8月
	赵国材		代理校长	1913年8月 - 1913年10月
	周诒春		校长	1913年8月26日 - 1918年1月 1913年10月到任
	赵国材 二次		代理校长	1918年1月 - 1918年7月
	范源濂 二次		校长(未到任)	1918年1月任命 美国驻华公使拒绝
	张煜全		校长	1918年4月 - 1920年1月30日
	罗忠诒		校长(未到任)	1920年1月30日任命 学生拒绝，未上任
	严鹤龄		代理校长	1920年2月18日 - 1920年8月
	金邦正		校长	1920年8月 - 1922年4月 1921年10月离校
	王文顯		代理校长	1921年10月 - 1922年4月
	曹云祥		代理校长	1922年4月 - 1924年5月
			校长	1924年5月 - 1928年1月
	严鹤龄 二次		代理校长	1928年1月 - 1928年4月
	温应星		校长	1928年4月 - 1928年6月
	余日宣		代理校长	1928年6月
	梅贻琦		校务代理	1928年6月 - 1928年9月
国立清华大学 1928年8月 - 1937年7月	罗家伦		校长	1928年8月 - 1930年5月
	冯友兰		校务会议代理主席	1930年5月 - 1931年4月
	乔万选		校长(未到任)	1930年6月任命 阎锡山任命，师生拒绝
	吴南轩		校长	1931年4月 - 1931年10月 5月被师生驱逐，7月离平
	翁文灏		校务代理	1931年7月 - 1931年9月
	叶企孙		校务代理	1931年9月 - 1931年12月
	梅贻琦 二次		校长	1931年10月 - 1937年7月
国立长沙临时大学 1937年8月 - 1938年2月			常务委员 清华校长	1937年8月 - 1938年2月
国立西南联合大学 1938年3月 - 1946年7月			常委会主席 清华校长	1938年5月 - 1946年7月
国立清华大学 1946年8月 - 1948年12月			校长	1946年8月 - 1948年12月 12月14日离校，21日离平
清华大学 1949年1月 -	冯友兰		校务委员会临时主席	1948年12月 - 1949年5月
	叶企孙		校务委员会主席	1949年5月 - 1952年6月
	彭珮云		党总支书记	1949年3月 - 1950年3月
	何东昌		党总支书记	1950年3月 - 1951年2月
			党委书记	1951年2月 - 1953年9月
	刘仙洲		院系调整筹委会主任委员	1952年6月 - 1952年10月
	袁永熙		党委第一书记	1953年9月 - 1956年5月
	蒋南翔		校长	1952年12月 - 1966年6月 被工作组“打倒”
			党委书记	1956年5月 - 1966年6月
			文化大革命工作组 （周赤萍为负责人）	1966年6月9日－6月13日
			文化大革命工作组 （叶林为组长，代行学校党委职权）	1966年6月13日 - 7月29日
			清华大学文化革命代表大会临时筹备委员会（1966年7月29日成立） 清华大学红卫兵临时总部（1966年8月19日成立） 清华大学红卫兵总部临时主席团（1966年9月16日成立）	1966年7月29日 - 9月底 主要领导人员为贺鹏飞等
			清华大学井冈山兵团（1966年12月19日成立；12月21日总部成立） 清华大学井冈山兵团四一四总部（1967年4月14日成立） 清华大学井冈山兵团联合总部（1967年11月8日成立）	1966年12月 - 1968年8月16日 主要领导人员为蒯大富等
			清华大学革命委员会筹备小组（1967年4月30日成立）	1967年4月30日 - ？
			首都工人、中国人民解放军毛泽东思想宣传队 （张荣温为总指挥）	1968年7月27日 - 1972年1月
	张荣温		清华大学革命委员会主任	1969年1月25日 - 1972年1月
	杨德中		党委书记	1970年1月10日 - 1972年1月
	迟群		清华大学革命委员会主任	1972年1月 - 1976年10月 中共中央政治局隔离审查
			党委书记	1972年1月 - 1976年10月
	刘达		清华大学革命委员会主任	1977年4月 - 1978年6月
			党委书记	1977年4月 - 1982年7月
			校长 卸任后任名誉校长	1978年6月 - 1983年5月
	高景德		校长	1983年5月 - 1988年10月
	林克		党委书记	1982年7月 - 1984年2月
	李传信		党委书记	1984年2月 - 1988年9月
	张孝文		校长	1988年10月 - 1994年1月
	方惠坚		党委书记	1988年9月 - 1995年9月
	王大中		校长	1994年1月 - 2003年4月
	贺美英		党委书记	1995年9月 - 2002年2月
	顾秉林		校长	2003年4月 - 2012年2月
	陈希		党委书记	2002年2月 - 2008年12月
	胡和平		党委书记	2008年12月 - 2013年11月
	陈吉宁		校长	2012年2月 - 2015年3月
	陈旭		党委书记	2013年12月 - 2022年2月
	邱勇		校长	2015年3月 - 2022年2月
			党委书记	2022年2月 -
	王希勤		校长	2022年2月 - 2023年12月
	李路明		校长	2023年12月 -