賓漢頓大學設立於1946年，前身為三城學院（Triple Cities College)。三城學院起初是雪城大學 (Syracuse University) 的分校，直到1950年併入紐約州立大學系統, 並更名為哈勃學院 (Harpur College)。到1953年時，哈勃學院就已經發展成學科健全的綜合性大學，吸引了相當多當地優秀的學生前來就讀。50年代後期，哈勃學院的學生申請人數與學術聲譽如日中天，並且被紐約州政府任命為紐約州立大學具有授予博士文憑資格的旗艦大学中心之一，當時紐約州僅有4所州立大學設有博士班。賓漢頓大學是四個旗艦大学中心中第一個併入紐約州立大學體系的，并於1965年更名為紐約州立大學賓漢頓分校（The State University of New York at Binghamton，簡稱 SUNY-Binghamton）。1992年爲了更好和SUNY系統的其他學校作區分，正式更名為現在的校名 Binghamton University, State University of New York。雖然學校一直自稱為賓漢頓大學，它的官方正式名稱依舊是紐約州立大學賓漢頓分校。值得一提的是，IBM的創辦人湯瑪士·華生在當初建校的過程中也盡了不少力。早在1940年代，有鑑於賓漢頓地區及IBM未來的發展，需要地方上有高等教育資源相配合，於是 華生 捐出部分土地作為建校所需。這塊位於Endicott的校址，也被稱為賓漢頓大學的發源地。然而只使用了三年，學校就搬遷至目前在维斯塔尔鎮的現址。為了感念華生先生對賓漢頓大學的貢獻，該校的"工程和應用科學學院便以"湯瑪士·華生"為名。
賓漢頓大學素有「公立常春藤」的美譽，例如1985年Richard Moll發表的Public Ivies: A Guide to America's best public undergraduate colleges and universities，又如Howard Greene和Matthew W. Greene與2001出版的The Public Ivies: America's Flagship Public Universities。
在2024年美國新聞與世界報導週刊的全美最佳大學評比中，賓漢頓大學排名位列全美第73名,公立大學第34名。在2023年富比士America’s Top Colleges排名位列全美第52名,並於2024年富比士列為十所公立常春藤大學之一。普林斯頓評論（The Princeton Review）於2024年評為無需經濟援助即可提供最佳價值的十所大學之一。在2011年美國Kiplinger's Personal Finance Magazine針對公立大學的評比中，賓漢頓大學是对州外學生（Out of State）来说最具價值（Best Value）的學校，並且对所有州内州外学生的综合排名第5。
在個別系所表現上，化學系排名全美第19名，歷史系排名全美第13名，人類學排名全美19。賓漢頓大学管理学院的会计项目被商业周刊评为全国第二。 宾汉顿大学管理学院被商业周刊评为公立学校第12名，所有学校（含私立学校）第35名。值得一提的是, 該校化學系教授 M. Stanley Whittingham 獲得 2019 年諾貝爾化學獎。
