在薩拉戈薩的慶祝活動之後，佩德羅四世開始前往瓦倫西亞接受加冕的典禮。在途中，他在萊里達停下來確認加泰羅尼亞憲法和烏沙茨（英语：Usages of Barcelona），並接受加泰羅尼亞臣民對他的敬意。這個冒犯了巴塞羅那，因為此儀式通常是在這裡進行的，巴塞羅那的居民向國王抱怨說，萊里達只是在前去瓦倫西亞的路上[3]。在瓦倫西亞，他為繼母的土地繼承權作出決定，剝奪埃莉諾的收入，並剝奪埃莉諾的卡斯蒂利亞保護者萊昂和赫里卡的彼得·龐塞[2] 。然而，彼得在赫里卡的領域內擁有足夠的支持者，令佩德羅四世無法維持自己的地位，並在1338年，通過教宗的調停，赫里卡與國王和解，埃莉諾得到了她的土地和管轄權[4]。佩德羅四世在很大程度上被迫投降因為摩洛哥新的入侵目標是卡斯蒂利亞和瓦倫西亞。
在佩德羅四世的統治初期，他的姊夫馬略卡國王海梅三世（姊姊康斯坦斯（英语：Constance of Aragon, Queen of Majorca）的丈夫）是佩德羅四世的一根刺。海梅三世曾兩次推遲對佩德羅四世作出封建時代對領主表示敬意的儀式，而他最終在1339年進行儀式時只以自己的模式行事。馬略卡島的經濟上升，商人在西地中海地區建立獨立市場並獲得貿易特權，威脅到巴塞羅那的霸主地位。馬略卡島的金幣和法意兩國所賦予的外交平等進一步使彼得感到忿怒，而海梅三世也進一步與佩德羅四世的敵人摩洛哥國王阿布·哈桑（英语：Abu al-Hasan Ali ibn Othman）結盟。然而，佩德羅四世一直到1341年也沒有宣洩，當海梅三世因與法國有爭議的蒙彼利埃主權而威脅將被入侵時，才呼籲他的宗主阿拉貢王國提供援助[5][6]。為了不冒犯法國，或支持海梅三世，佩德羅四世把馬略卡國王海梅三世召到巴塞羅那去參與議會，佩德羅四世知道海梅三世是不會來的。當海梅三世或者他的代表沒有出席的時候，佩德羅四世宣布自己不再以馬略卡王國的宗主而為海梅三世提供義務。
佩德羅四世沒有男性子嗣，他的兄弟烏拉爾伯爵海梅（英语：James I, Count of Urgell）是亞拉岡王位的順序繼承人。佩德羅四世越來越不信任海梅的意圖，他決定將女兒康絲坦斯（英语：Constance of Aragon, Queen of Sicily）命名為他的繼承人，儘管先王海梅一世和阿方索四世曾確立先例，將女性排除在王位之外。為此，他要求烏拉爾伯爵海梅辭去檢察長的職務，這個職位按照傳統被保留給亞拉岡王位的繼承人。海梅逃到了薩拉戈薩，在那裡他得到了一些希望重新賦予君主權力的貴族所青睞。佩德羅四世最終屈服於壓力，在薩拉戈薩他舉行議會並作出無數削弱皇家權力的讓步，以平息他還沒能力壓制的叛亂。其中一個讓步是撤銷他命名康絲坦斯作為繼承人的企圖，並恢復海梅作為檢察長。為了避免額外的損失，佩德羅四世以他必須解決撒丁島發展危機為由解散議會。此後不久，當佩德羅四世在加泰羅尼亞時，海梅突然死亡。許多人懷疑佩德羅四世安排讓海梅中毒身亡。褫奪領導令亞拉岡王權因而大大削弱了。
其後，佩德羅四世遇到了新興的瓦倫西亞聯盟（英语：Union of Valencia），它從亞拉岡那裡得到啟發。在薩貢托，佩德羅四世被迫將他的同父異母弟弟費蘭命名為新任總檢察長。為了安撫聯盟成員，王室又作了一些讓步。這一次，當他試圖離開這個糟糕的局面時，佩德羅四世在瓦倫西亞被聯盟成員俘虜並控制着。也許受到他畢生最大的侮辱，他和他的王后被迫與普通民眾跳舞，以顯示他的屈服。諷刺的是，他的救星是黑死病。瓦倫西亞於1348年5月被這場瘟疫攻陷，使佩德羅四世在混亂中逃脫。佩德羅四世於1348年7月21日在埃皮拉戰役（英语：Battle of Épila）中組建了一支日益強大的亞拉岡保皇黨軍隊，攻打聯盟的軍隊。佩德羅四世贏得一場完全的勝利。去到薩拉戈薩後，佩德羅四世只處死了13個聯盟的領導人。按照十四世紀的標準，這顯示一次國王的寬宏大量。瓦倫西亞的命運可不一樣。當佩德羅四世被勸說不要燒毀整個城市而以撒鹽去病後，許多人被處決。特別值得一提的是，佩德羅四世將瓦倫西亞聯盟宣布召開會議的大鐘溶掉將，熔出來的金屬倒在工會領導人的喉嚨裡，讓他們“品嚐它的酒”。
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