2006年世界盃足球賽種子隊分別為德國、巴西、英格蘭、西班牙、墨西哥、法國、阿根廷及意大利這八支勁旅，他們根據在過去兩屆世界盃決賽週的成績及過去三年國際足協世界排名而成為種子隊。八支種子隊會各自分配單一小組，其他組別則盡量按地理位置分配（塞黑為排名最低的歐洲球隊，被安排分配到“特殊組別”，原因是以免出現與超過二支歐洲球隊同組）。除了歐洲外，每個小組中不可有兩個來自同一洲的球隊（因歐洲球隊佔本屆世界盃最多的名額）。

• 抽籤有以下規則：

1. 除了歐洲外，每個小組中不可有兩個來自同一洲的球隊
2. 曾經在歐洲區外圍賽同組的球隊不會獲分配同一小組

種子隊	國家	1. 國際足協世界盃決賽週成績					2. 國際足協世界排名							總分
		1998年 法國世界盃 (33.3%)		2002年 韓日世界盃 (66.7%)		平均分	2003年12月 (33.3%)		2004年12月 (33.3%)		2005年12月 (33.3%)		平均分
		排名	積分	排名	積分		排名	積分	排名	積分	排名	積分
1	巴西	2	31	1	32	31.7	1	32	1	32	1	32	32.0	64
2	英格兰	9	24	6	27	26.0	8	25	8	25	9	24	24.7	51
3	西班牙	17	9	5	28	21.7	3	30	5	28	6	27	28.3	50
4	德国	7	26	2	31	29.3	12	22	19	19	16	19	20.0	49
5	墨西哥	13	20	11	22	21.3	7	26	7	26	7	26	26.0	47
6	法國	1	32	28	8	16.0	2	31	2	31	5	28	30.0	46
7	阿根廷	6	27	18	9	15.0	5	28	3	30	4	29	29.0	44
8	義大利	5	28	15	18	21.3	10	24	10	23	12	22	23.0	44
9	美国	32	8	8	25	19.3	11	23	11	22	8	25	23.3	43
10	荷蘭	4	29	-	0	9.7	4	29	6	27	3	30	28.7	38
11	韓國	30	8	4	29	22.0	22	16	22	17	29	13	15.3	37
12	日本	31	8	9	24	18.7	29	12	17	20	15	20	17.3	36
13	瑞典	-	0	13	20	13.3	19	19	13	21	14	21	20.3	34
14	克罗地亚	3	30	23	9	16.0	20	18	23	16	20	17	17.0	33
15	巴拉圭	14	19	16	17	17.7	22	17	30	12	30	12	13.7	31
16	捷克	-	0	-	0	0.0	6	27	4	29	2	31	29.0	29
17	葡萄牙	-	0	21	9	6.0	17	21	9	24	10	23	22.7	29
18	哥斯达黎加	-	0	19	9	6.0	17	20	27	14	21	16	16.7	23
19	沙烏地阿拉伯	28	8	32	8	8.0	26	14	28	13	32	11	12.7	21
20	波蘭	-	0	25	8	5.3	25	15	25	15	23	15	15.0	20
21	伊朗	20	9	-	0	3.0	28	13	20	18	19	18	16.3	19
22	突尼西亞	26	8	29	8	8.0	45	8	35	11	28	14	11.0	19
23	厄瓜多尔	-	0	24	9	6.0	37	11	39	10	37	9	10.0	16
24	塞爾維亞與蒙特內哥羅	10	23	-	0	7.7	41	10	46	8	47	6	8.0	16
25	瑞士	-	0	-	0	0.0	44	9	51	7	36	10	8.7	9
26	烏克蘭	-	0	-	0	0.0	60	7	57	6	40	8	7.0	7
27	科特迪瓦	-	0	-	0	0.0	70	5	40	9	41	7	7.0	7
28	澳大利亞	-	0	-	0	0.0	82	3	58	5	49	5	4.3	4
29	千里達及托巴哥	-	0	-	0	0.0	70	6	63	4	51	3	4.3	4
30	加纳	-	0	-	0	0.0	78	4	77	2	50	4	3.3	3
31	安哥拉	-	0	-	0	0.0	83	2	72	3	62	1	2.0	2
32	多哥	-	0	-	0	0.0	94	1	89	1	56	2	1.3	1

種子隊	德國	巴西	英格蘭	西班牙
	墨西哥	法國	阿根廷	意大利
第二組別	澳洲	迦納	多哥	象牙海岸
	安哥拉	突尼西亞	厄瓜多	巴拉圭
第三組別	烏克蘭	荷蘭	瑞典	克羅埃西亞
	瑞士	葡萄牙	波蘭	捷克
第四組別	美國	哥斯大黎加	特立尼达和多巴哥	伊朗
	日本	沙特阿拉伯	韓國
特殊組別	塞黑