原本過著安穩且沒有需要用靈魂作為代價換取願望的日子,但因為擁有破天荒的魔法少女資質而被丘比(QB)選上,在陷入一連串事件過程中後者也不斷引誘其交換契約。在巴麻美尚未慘死時,圓的願望是「成為魔法少女並且成為有用的人」,並希望藉此來改變軟弱的自己,持續地幫助他人。在正片未演出的其他時間軸,圓的歷次願望皆有不同,但都是為別人的幸福所著想。依據廣播劇《Memories of You》的演出內容,圓的最初願望是要讓死於車禍的黑貓愛咪(エイミー)復活[註 2][16][29]。此外的其他願望有:希望所有家人感到幸福[30]、幫助苦戰中的焰擊敗魔女之夜[31][32]、讓沙耶香變回普通人等要求[33]。受到願望的影響,鹿目圓在不同時間軸的魔力也不同,包括身體魔力上升[16]、治療恢復傷勢甚至是消除部分靈魂寶石混濁的魔法[34]。
在全劇終盤,圓一方面瞭解焰為了她所作的努力,另一方面也看到歷史上許多魔法少女的痛苦經歷,得知所有真相而不斷苦惱後,圓找到了自己真正的願望[47]。在「懷抱希望本身絕不會是個錯誤」的想法之下,圓向丘比許下了「將所有的宇宙、過去和未來、所有的魔女,在誕生前親手消滅」的願望[49][50],從而改變魔法少女必將變成魔女的絕望[51],並成為「魔法少女圓」。圓的願望使得宇宙重組,圓以魔法少女的型態出現在所有時空中,淨化魔女化前夕的靈魂寶石,並引導死前的魔法少女,使之安息。鹿目圓成為「消滅魔女的概念」固定在宇宙中,既無所不在也無法被人感覺或記憶。這種魔法少女終將憑空消失的法則,被魔法少女們稱為「圓環之理」(円環の理;Law of Cycles)。而在這個新世界中,鹿目圓成為自始即不存在的人,只剩下間接促進、並見證此一過程的曉美焰,還奇蹟似保有「鹿目圓此人」的記憶和髮帶。此外只有圓的母親詢子以及弟弟達也,對圓的名字保有含糊的印象[37]。
在漫畫外傳《魔法少女小圓 〜The different story〜》故事之中,故事背景與原作電視動畫相同,鹿目圓對於身為魔法少女的巴麻美有所憧憬。其後好友美樹沙耶香也選擇成為魔法少女並與麻美一同作戰,而鹿目圓則一邊思考「找到更加堅定的願望」一邊跟在兩人身旁。在沙耶香因為上條恭介與志筑仁美之間的關係心煩意亂時,圓主動向上條透露其左手奇蹟治癒的原因,但不居功的沙耶香謝絕了圓的好意,並打算考慮一天再對上條托出實情。然而,沙耶香在隨後的戰鬥中魔力耗竭,靈魂寶石徹底混濁而變成了魔女[53]。
鹿目圓的角色曲為由hanawaya作詞與作曲、流歌和田口智則(日语:田口智則)編曲,包括由圓的聲優悠木碧演唱的《明天再見》(またあした),其中Magica Quartet在動畫光碟販售版本中除了將《明天再見》作為第1話以及第2話片尾曲之外,並且還為此另外製作了於電視上並未播出的動畫片尾影片[57]。悠木碧表示在歌唱《明天再見》時以為是首無憂無慮且讓人愉快的歌曲,但是之後才瞭解到歌詞底下的另外一層涵義[16]。此外,鹿目圓的角色歌曲也與虛淵玄監修的原創廣播劇《Memories of You》一同收錄在限定版本所附贈的特典CD之中,並且於2011年4月27日連同藍光光碟以及DVD光碟第一卷推出[58]。其後,由於附錄的小冊子與片尾影片和實際音樂的歌詞有所出入,這使得負責發售的Aniplex決定暫緩第一卷光碟的推出,針對已經購買的消費者則是以郵遞的方式寄送新版本的光碟與小冊子[59]。
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