基教書院由創校至結校二十餘年間，1965年12月22日為其校慶日[23]，由當年的美國哥倫比亞大學校長郭準（Grayson L. Kirk）與悉尼市長 John Armstrong 來到香港主持獻校儀式[23][24]。1966年創校數年之內曾吸引教育界人士如時任崇基書院副校長芮陶庵[25]、時任澳洲珀斯教育司戚陵[26]、前清華大學社會學系教授傅尚霖以及中國駐希臘大使杭立武等前來參觀[27][28]。開校的部份教師來自旺角德明中學及對外招聘，當中不少為基督徒。另外，為了吸引更多學生入讀，香港基教書院設立保送優異學生、即預科畢業生到美國、台灣、菲律賓等地升讀大學的制度[29]。1968年，該校首次派出學生參加香港中學會考[30]。後來在1969年11月18日獲港英政府承認為非牟利學校[23]。全校學生數目往後一度遞增至超過三千餘人。
未幾於1970年，學校因辦學表現理想而獲美國亞洲基金會、加拿大海外圖書中心以及澳洲林氏兄弟公司捐贈一萬一千零六百冊圖書[31]。1979年更與美國肯塔基州 Southeast Kentucky Community and Technical College 達成協議，合辦兩年初級文理科大學課程[32]。此前曾在1976年擬定與美國馬里蘭大學在香港開設公開大學[33]。1980年9月也開辦了夜中學[34]。然而隨著港英政府實施九年免費教育政策，以致像香港基教書院此類私立學校難以持續營辦幼稚園至中學三個學部，校方因此決定於1981年9月起停辦幼稚園和小學部[35][36]。在公布決定後不久即通過校董會決議，應家長要求續辦小學部下午校二年級至六年級數年[37]。自從小學部於1980年代中停辦，學校仍繼續發展。不過到了1989年因為基教書院校址的業主認為買位學校政策規限了該校的發展前景[38]，加上盈利減少和當時香港的酒店業蓬勃起來[38]，最終令校方不再辦學，校址交由地產商改建為酒店[38]。餘下的學生在學校停辦後被安排轉到地利亞修女紀念學校完成學業。
