十二使徒之一的加略人犹大认为耶稣正渐渐变得无法掌控他的追随者，担忧他们可能被罗马帝国视为威胁而遭到严厉镇压。（《Heaven On Their Minds》）
其他使徒在晚餐时不断向耶稣询问进入耶路撒冷的计划，但耶稣告诉他们不必担心。与此同时，抹大拉的马利亚试图帮助耶稣放松。犹大警告耶稣要远离马利亚，因为这与他的教义不一致，别人也可能抓住这一把柄来对付他。然而耶稣斥责犹大，称除非自己没有罪，否则不应当评判别人。然后耶稣责备使徒，抱怨没有一个人真正关心他。（《What's the Buzz/Strange Thing Mystifying》）
与此同时，以色列的大祭司该亚法召集了法利赛人和其他祭司。和犹大一样，他们也担心罗马会将耶稣的追随者们视为威胁而严厉镇压他们，这样一来许多无辜的犹太人可能会受牵连。因此，该亚法得出结论，为了更大的利益，耶稣必须被处决。（《This Jesus Must Die》） 当耶稣和他的追随者们兴高采烈地抵达耶路撒冷时，他们遇到了该亚法，后者要求驱散信众；相反，耶稣则向信众们问好。（《Hosanna》） 奋锐党的西门提议耶稣应当带领他的狂热信徒与罗马作战，并夺取权力。（《Simon Zealotes》） 耶稣拒绝了这一点，指责他的追随者都不明白什么是真正的「力量」。（《Poor Jerusalem》）
犹太总督本丢·彼拉多做了一个梦，梦中他遇到了一个加利利人，并因为此人死于暴徒之手而受到指责。（《Pilate's Dream》） 同时，耶稣到达了圣殿，却发现这里已经成为了市场。耶稣感到气愤，并把所有人都赶了出去（英语：Cleansing of the Temple）。这时，一群麻风病人走了出来，请求耶稣医治他们。麻风病人的人数不断增加，把耶稣层层包围。而耶稣最终拒绝了他们。（《The Temple》） 抹大拉的马利亚唱着歌，使惊恐的耶稣入睡。（《Everything's Alright (Reprise)》） 当他睡觉时，马利亚承认自己爱上了耶稣，这让她感到害怕。（《I Don't Know How to Love Him》）
犹大的内心矛盾重重。他找到法利赛人，提议帮助他们逮捕耶稣，因为他相信耶稣已经无法掌控这一切，而且认为耶稣本人也会赞成他的行动。为了换取犹大的帮助，法利赛人给了犹大三十枚银币。犹大坚决拒绝，但随后接受了该亚法用这笔钱去帮助穷人的提议。（《Damned for All Time/Blood Money》）
第二幕
耶稣和门徒共进逾越节晚餐。门徒们喝的酩酊大醉，几乎没有关注耶稣的神色。耶稣说，他们喝的酒可能是他的血液，他们吃的面包可能是他的身体。耶稣要求门徒们能够记住他，并预言彼得那天晚上会三次否认他，而门徒中的另一个人会背叛他。犹大马上承认自己就会那个会背叛耶稣的人，并说他不明白耶稣为什么对此毫无计划，最后离开了。（《The Last Supper》）
当耶稣去到客西马尼花园祈祷时，剩下的门徒都已熟睡。他向上帝表达了对使命是否会成功的怀疑，并愤怒地要求知道他为何应该继续等待并遭受他可怕的死亡。耶稣并未得到任何回应，他意识到自己无法违抗上帝的旨意，于是向上帝投降。（《Gethsemane (I Only Want to Say)》） 随后，犹大带着罗马士兵来到了这里，并通过亲吻向士兵们指认了耶稣。在将耶稣带到犹太公会审判前，该亚法和祭司们先把他送到了彼拉多那里。（《The Arrest》） 与此同时，彼得遇到了三个事件的目击者，并向每个人否认了自己认识耶稣。马利亚指出耶稣早已预言了这一点。（《Peter's Denial》）
彼拉多逼问耶稣他是否是犹太人的王，后者回答称「这是你所说的」（That's what you say）。由于耶稣来自加利利，彼拉多说这不属于他的管辖范围，并把他送到了希律王那里。（《Pilate and Christ》） 浮夸的希律王向耶稣施压，要求他行神迹来证明自己的神性，但耶稣不予理睬。随后希律王愤怒地将他送回了彼拉多那里。（《King Herod's Song》） 抹大拉的马利亚、彼得和使徒们回忆起他们第一次追随耶稣的时候iu，并希望他们能回到那充满希望与安宁的时候。（《Could We Start Again, Please?》）
在耶稣受审时，彼拉多试图审问耶稣，但被一群嗜血的暴徒拦住，他们要求将耶稣钉在十字架上。彼拉多不安地告诉暴徒们耶稣没有犯罪，并不该死，但为了满足暴徒的要求，他将鞭打耶稣。彼拉多恳求耶稣宽恕自己，但后者有气无力地说这一切都是上帝决定的。三十九鞭后，暴徒们仍然要求处死耶稣。最终，彼拉多勉强同意了将耶稣钉在十字架上。（《Trial Before Pilate (including The 39 Lashes)》）
