澎湖法師源自福建閩南地區。澎湖的「法師」同「道士」一樣敬祀鬼神，但普遍而言，法師多附屬地方上宮廟，區域色彩較濃，法術、符令等傳承多倚仗口耳相傳，體系也未如道士流派般具制度化，所以法師的性質更近似原始宗教，如巫祝或巫醫般存在的民間信仰。^[1]

澎湖宮廟的「法師」與「道士」雖然在政府機關皆登記為「道教」，不過兩者其實有所差別，不僅服飾裝扮和所持法器大相逕庭，精神內涵更是涇渭分明。「法師」又稱「法官」或「福官」又或古稱的「壇頭」，服務對象是生者，主驅邪、避禍、治病等以扶民濟世；而「道士」又讀作「師公」或尊稱「道長」，則是替亡者招魂、開路，拔渡往生者早歸生方。^[1]

1. 普庵派：以普庵禪師為宗師。普庵俗名余印肅，生於北宋徽宗政和五年（1115年），南宋高宗紹興四年（1134年）剃度出家，信徒廣遍江南、湖南一帶。澎湖地區凡承普庵流派的廟宇，計有109座，其中鎖港北極殿、龍門安良廟等皆有雕塑普庵祖師的金身來奉祀。^{[2][3]:26–33}
2. 閭山派：奉許真君為法主。許真君即許遜，又稱慈濟真君或感天大帝。許遜早年習法修道，在西晉初年，任官出仕期間，遭逢瘟疫流行，傳有許遜以神力符咒治癒疾民的神蹟顯現，後乃聲名大噪，追隨者眾，漸成流派。澎湖地區凡繼閭山流派的廟宇，計有30座，奉祀許真君金身的廟宇有菓葉玉皇宮與嵵裡水仙宮等。^{[2][3]:26–33}
3. 九天玄女派：龍門安良廟原屬普庵派，卻於1997年一度改為「九天玄女派」，不過又於2002年回歸普庵派迄今。^[3]:26–33
4. 疑似摩尼教：摩尼教又稱明教，來自西域波斯，在唐代中葉開始在中原傳播，信徒多活躍於浙江、福建等沿海各省，一直到明太祖洪武年間才被查禁。根據澎湖文史工作者甘村吉的說法，湖西鄉南寮保寧宮的符令獨樹一幟，與澎湖其他廟宇等大異其趣，兼之保寧宮法師先祖許返清曾有遊歷東南沿海一帶的經歷，是故懷疑其符令乃被摩尼派影響所致；不過此一說法僅為臆測，尚未有結論定之。^[3]:26–33（南寮保寧宮與北寮保安宮均登錄為「閭山派」。）

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  【閭山派】石泉朱王廟，大符雷令
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  【普庵派】大池治安宮，大符雷令
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  【疑似摩尼派】北寮保安宮．大符雷令
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  【疑似摩尼派】南寮保寧宮扶乩儀式
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  【前九天玄女派】供於龍門安良廟之普庵尊王、九天玄女像。

根據甘村吉所製「澎湖法師傳承口述的系統與派別表」，茲略引如下：

• 澎湖鸞堂列表
• 普庵派
• 閭山派

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1. ^ ^{1.0 1.1} 甘, 村吉. 《澎湖宮廟小法與祭祀科儀》. 澎湖縣: 澎湖縣文化局. 2014: 18–22. ISBN 9789860431452 （中文（臺灣））. 
2. ^ ^{2.0 2.1} 澎湖法師的派別. Penghu.Info｜澎湖知識服務平台. [2018-08-16]. （原始内容存档于2019-05-20） （中文（臺灣））. 
3. ^ ^{3.0 3.1 3.2 3.3 3.4} 甘, 村吉. 《澎湖廟宇的法師與乩童圖錄》. 澎湖縣: 甘村吉. 2009. ISBN 9789574164110 （中文（臺灣））.