2021年3月24日,被控3項罪名,包括《港版國安法》的串謀勾結外國勢力或者境外勢力危害國家安全罪,串謀協助罪犯罪和無牌管有彈藥罪,案件同日在西九龍裁判法院提堂。案情指他曾於2020年7月1日至2021年2月15日其間,在香港與黎智英、Mark Herman Simon、陳梓華、劉祖廸及其他人共同串謀,請求外國或者境外機構、組織、人員實施對香港特別行政區或者中華人民共和國進行制裁、封鎖或者採取其他敵對行動。同時在單位內發現232枚使用過的催淚彈、7枚使用過的海綿彈,以及38枚使用過的橡膠子彈。[9]一日後,12港人關注組透露他回港至今4天,仍然下落不明。其家人曾向懲教署及警方查詢,懲教署稱無此人,而警方表示不清楚李宇軒位置。懲教署向媒體回覆指,不會就就個別個案作出評論,只會按照既定程序詢問在囚人士是否需要協助通知親友所在的羈押地點。[10]李宇軒妹妹指政府至今仍拒絕透露李宇軒由哪個部門看管,形容“是否仍在香港無從得知”。[11]