本都管区面临着萨珊波斯的威胁,因而其军队由专官“本都与亚美尼亚都督(Dux Ponti et Armeniae)”指挥,直到5世纪分拆成两个都督(Dux)指挥。查士丁尼一世时又在亚美尼亚地区设立了“亚美尼亚军队总长(英语:Magister militum)(Magister militum per Armeniam)”[1]。查士丁尼还于535年废除了本都管区,由第一加拉太行省的长官接手“近卫总长代理官(英语:Vicarius)”的职责,但这一改革的结果不能让国家满意,于是548年本都管区又被重新建立,此后持续存在,直到7世纪后期军区制形成,本都管区被亚美尼亚军区与奥普西金军区取代[1]。