日本特别史迹列表（日本の特別史跡一覧、にほんのとくべつしせきいちらん），为日本国家指定的特别史迹的列表。

所谓“特别史迹”，是指日本政府根据《文化财保护法》而指定的史迹中被認為特別重要者、被評價為日本文化之象徵者，已有63处古迹被指定為特别史迹。

由于奈良县长期是日本古代的政治中心之一，因此共有10处被指定的特别史迹，居日本各都道府县之首。

序号	名称	都道府县	图片
1	五稜郭遺址	北海道
2	三内丸山遗迹	青森县
3	中尊寺境内	岩手县
4	無量光院遺迹	岩手县
5	毛越寺境内 附 鎮守社遺址	岩手县
6	多贺城遺址 附 寺遺址	宫城县
7	大汤环状列石	秋田县
8	旧弘道馆	茨城县
9	常陸國分寺遺址	茨城县
10	常陆国分尼寺遺址	茨城县
11	大谷磨崖佛	栃木县
12	日光杉並木街道 附 並木寄进碑	栃木县
13	金井泽碑	群马县
14	山上碑及古坟	群马县
15	多胡碑	群马县
16	旧濱离宫庭园	东京都
17	江户城遺址	东京都
18	小石川后乐园	东京都
19	一乘谷朝仓氏遗迹	福井县
20	尖石石器时代遗迹	长野县
21	远江国分寺遺址	静冈县	图片暂缺
22	新居关遺址	静冈县
23	登吕遗址	静冈县
24	名古屋城遺址	愛知县
25	本居宣长旧宅 同 宅遺址	三重县
26	安土城遺址	滋贺县
27	彦根城遺址	滋贺县
28	慈照寺（银阁寺）庭园	京都府
29	鹿苑寺（金阁寺）庭园	京都府
30	醍醐寺三宝院庭园	京都府
31	大坂城遺址	大阪府
32	百済寺古迹	大阪府
33	姫路城遺址	兵库县
34	龜虎古坟	奈良县
35	高松塚古坟	奈良县
36	山田寺遺址	奈良县
37	石舞台古坟	奈良县
38	巢山古坟	奈良县
39	藤原宫古迹	奈良县
40	文殊院西古坟	奈良县
41	平城宫遺址	奈良县
42	平城京左京三条二坊宫遺址庭园	奈良县	图片暂缺
43	本药师寺遺址	奈良县
44	岩桥千塚古坟群	和歌山县
45	斋尾废寺遺址	鸟取县
46	旧閑谷学校 附 椿山石门津田永忠宅遺址及黄叶亭	冈山县
47	严岛	广岛县
48	廉塾以及菅茶山故居	广岛县
49	讚岐国分寺遺址	香川县
50	王塚古坟	福冈县
51	水城遺址	福冈县
52	大宰府遺址	福冈县
53	大野城遺址	福冈县
54	吉野里遗跡	佐贺县
55	名护屋城遺址 及陣遺址	佐贺县
56	金田城遺址	长崎县
57	原之辻遗迹	长崎县
58	熊本城遺址	熊本县
59	臼杵磨崖佛 附 日吉塔、嘉応二年在銘五輪塔 承安二年在銘五輪塔	大分县
60	西都原古坟群	宫崎县
61	基肄城遺址	福冈县\佐贺县
62	埼玉古墳群	埼玉縣
63	加曾利貝塚	千葉縣