「岩石之令」團隊的四大英雄蓋博、艾莉格拉、馬格努斯和索倫齊心協力打敗了終界龍，並拯救了世界。數年後，傑西、奧莉維亞、艾克索和傑西的寵物豬魯奔正為終界嘉年華的建築大賽作準備，希望再次獲得勝利。完成了建築後，吸引了裁判和其他建造者的注意。其中與傑西一行人敵對的團隊「豹貓隊」的一名成員艾登生氣的把岩漿灑到魯奔的戲服上，使其著火並讓魯奔逃到樹林中，傑西讓他的朋友/自己去找魯奔。

傑西在樹林裡找到魯奔並碰到佩特拉，他們到了附近的一個洞穴。佩特拉告訴傑西她在地獄得到一顆凋零骷髏頭顱，並告訴他在終界嘉年華有個人要用一顆鑽石換取頭顱，但傑西覺得這交易很可疑。來到終界嘉年華，傑西很開心他們一起贏得了比賽（或讓他們振作起來，如果他們失敗了），佩特拉接著要他一起到黑暗小巷交易。在巷子裡，他們與艾佛交易凋零骷髏頭顱。結果佩特拉被騙得到青金石，她和傑西試圖找艾佛討債。在大廳門口，售票員不允許他們入場，因為他們沒有票，但後來他們發現售票員害怕的是雞。他們想出一個計劃使售票員分心，一行人乘機進到大廳裡去。

傑西決定找到馬格努斯/艾莉格拉，在那裡順便參加「死亡碗」/幫艾莉格拉製造指令方塊，但凋零風暴到達並破壞欣榮鎮/紅石尼亞，迫使傑西、魯奔、艾克索和馬格努斯/奧莉維亞和艾莉格拉撤退回神廟。

藥水效果消失後，他們想別的辦法去找索倫。傑西拿著護身符走來走去，偶然發現索倫在地下深處，隨著光源走意外來到一個怪物磨床。經過一連串與怪物的決鬥，他們好不容易逃脫後找到一個終界傳送門。

在終界，他們看到了索倫的身影並跟過去。來到他的據點後，來到了一個用羊毛做的地方，但是盧卡斯突然非常生氣，他認為壓力太重憤而離去，不過在傑西的安撫下恢復正常。同時傑西找到了一扇暗門，他們走了進去後，傑西和奧莉維亞進入一個房間，之後奧莉維亞在房間裡搜尋一些線索，而傑西則聽見一個錄音，內容關於索倫對終界使者們做了一項測驗。傑西快速地完成了測驗，卻被一隻終界使者打了一拳。醒過來時，發現那人的確是索倫本人偽裝的。索倫一開始對傑西感到懷疑，但馬上在傑西拿出護身符時認出了是岩石之令。蓋博（如果他活著）和索倫重新見面，但他們的慶祝因為終界使者瞬移到了他的房子裡而被打斷，他們隨後逃離了終界。

一行人都被迫撤退到安全區域，來到一座洞穴休息後，蓋博/佩特拉的記憶開始回復，回憶起更早些時候的某些事件，但卻又馬上忘掉。在外面，索倫和艾佛在爭吵關於凋零風暴的事，但艾佛也透露，凋零風暴是被設定跟蹤岩石之令護身符。他也表示後悔，並說他有一個解決方案可摧毀其內的指令方塊。之後他們向邊境之地的艾佛的實驗室出發。

一行人終於到達邊境之地。他們發現艾佛的實驗室的入口前面有一個迷宮。繞過迷宮後，發現一個待加工的紅石飛行器，隨後因怪物突然出現而快速搭上飛行器逃走。來到實驗室裡面，傑西和索倫發現了岩石之令的五個寶藏，並利用發現時間的順序來打開另一扇門，使他們到達了一個有著終界水晶的房間。傑西意識到晶體應該在終界龍被擊敗後已經爆炸，並迫使索倫說真相。他才說，終界龍實際上是被指令方塊瞬移到別的地方了，艾佛正因對此不滿而離開了岩石之令。一行人都被這個謊言震驚了，但他們還是必須擊敗凋零風暴。艾佛遞給傑西一些材料要求其自行製造武器，且挑選了一套盔甲。準備就緒後回到堡壘和凋零風暴戰鬥。

新岩石之令為了尋找寶藏而來到了叢林神廟。他們找到了一樣很特別的寶藏「特殊附魔打火石」，回到地面決定向艾佛打聽有關附魔打火石的資訊。在回來的路上，他們被烈焰棒隊找上，並侮辱他們的前隊長盧卡斯。鬥了一番後，烈焰棒隊的人就離去了。回到燈塔鎮，與艾佛和盧卡斯在藏寶室會面。當艾佛看到附魔打火石時，他意識到這與「永恆力量」有關，急著想去看看。他們都回到昨天發現的神廟，找到了一個傳送門，用打火石將其點燃，但烈焰棒隊搶了打火石後率先沖入，而傑西一行人則緊跟其後。

四人來到一座天空之城，他們遇到了某旅館的老闆麥洛，著名的天空之城居民。在他們可以得到關於烈焰桿的下落消息之前，整個城市都被要求召開緊急會議。天空之城的創始人伊莎，聽從艾登說的謊言後，宣布要逮捕傑西一行人，但艾佛決定被抓以此進入王宮大殿，傑西選擇和艾佛、盧卡斯一起被抓/與佩特拉和麥洛逃跑。

如果傑西選擇一起被抓：艾佛、傑西和盧卡斯會與創始人見面，三人和創始人聊了一聊，解釋為什麼他們不是罪犯。儘管如此，創始人還是把他們關入監獄，在她弄清真相之前。但Reginald認為他們不是真正的罪犯，並且來到這裡是為了阻止烈焰棒隊，所以他釋放他們去阻止艾登。若傑西選擇逃跑：傑西、佩特拉和麥洛會來到旅館「建造俱樂部」的一個秘密的房間。它也表明，麥洛是俱樂部的領導者，但是裡面的建造者並不確定傑西是真正的建造者，他做出鐵砧/鐵魔像向他們證明。然後三人前往王宮大殿阻止烈焰棒隊。

在王宮大殿，五人見面，來到地下室。五人成功找到「永恆力量」，原來是一隻會下生怪蛋的雞。伊莎和艾登都出來阻止他們，艾登推傑西、盧卡斯和伊莎從窗台掉入虛空。伊莎很驚訝，原來，天空之城下面一直有陸地，並為之前的事情向傑西道歉。這樣，傑西和伊莎/盧卡斯回到天空之城阻止烈焰棒隊。回到天空之城，烈焰棒隊製造了大量怪物，有地獄幽靈和殭屍，但傑西和伊莎/盧卡斯輕鬆消滅了它們。艾佛給傑西藥水，而穿過的烈焰桿的另兩個成員遇見了艾登。艾登生成兩個烈焰使者阻止傑西，但是他們都被消滅。然後艾登與傑西單挑，傑西占了上風，將艾登的劍打掉。艾登只好投降，把附魔打火石還給他。傑西要艾登一起走/留在天空之城的邊緣，離他而去/把推下瀑布。

四人進入某座傳送門後，來到了一個墓地。其中一個墓碑上放著一本書，邀請他們來到主人的宅子。接著四個人就被數百隻殭屍包圍，但他們成功逃脫，奔向宅子。但大樓的正門被鎖了，他們又環顧四周並打破廚房的窗戶進了宅子。在裡面，他們見到了Torque Dawg和Sparklez隊長。突然，Torque Dawg被從發射器裡發射出的劇毒藥水箭射死了，倒在了地上。莉西等人隨後迎接他們，所有的人都來到了大廳。宅子裡的人有凱西·蘿絲，以及她的寵物貓Winslow。還有丹、史丹皮和史黛西，他們聲稱自己也是被邀請函邀請過來的，接著他們來到了餐廳。

Sparklez隊長宣布，Torque Dawg剛才死了，傑西也告訴大家他的死因。隨後，他詢問任何人有關Torque Dawg的行為和性格。Sparklez隊長然後告訴他，Torque Dawg在尋找「稀有物品」，是一種有著特殊附魔的打火石。傑西給/不給Sparklez隊長展示自己的附魔打火石。Sparklez隊長宣布，他們被帶到這裡，因為有人拿走了打火石。突然，Sparklez隊長掉在坑裡，大量的沙掉落，窒息死了。隨後白南瓜頭出現，然後通知大家，他要找到「他要的東西」，他會一直戰鬥下去直到獲取它，即使會死一些人。傑西和盧卡斯隨後檢查餐廳，在餐廳的桌子上找到四個按鈕。他們發現白南瓜頭其實只是一座看起來像真人的雕像，可能是為了分散大家注意力。

傑西隨後依次詢問四位可能是白色南瓜的犯罪嫌疑人——丹、莉西、史丹皮和盧卡斯。隨後傑西表示經過他的資訊整理，兇手可能是史丹皮/莉西/丹/沒有足夠的證據懷疑任何人。盧卡斯堅持盯住其他人，而另外三人則去廚房檢查陷阱。在廚房裡，傑西發現印有苦力怕的畫有問題，並發現有數條相互交錯的隱藏通道，說明白南瓜頭使用這些通道在大樓中穿梭。三個人順著通道來到了書房，傑西通過牆上一幅兔子的壁畫的小孔，發現藏在另一側壁畫後的白南瓜頭。傑西和盧卡斯隨後爭著去大樓的東邊抓白色南瓜。白色南瓜將南瓜套在了盧卡斯頭上並逃走了。因此，大家都指認盧卡斯就是真正的白南瓜頭。隨後盧卡斯被審問關禁閉，而傑西和佩特拉則去找證據證明盧卡斯是無辜的。兩人來到了宅子的地下室的秘密入口。

四人又通過一扇傳送門，把帶入到一個惡地生態域中。傑西和佩特拉在那裡發現了一隻「超級殭屍」然後殺了它。在這發生後，又有四隻超級殭屍走向他們，並指示他們四個要跟著它們走。那些超級殭屍們接著帶領他們來到一座擁有先進文明的城市「Crown Mesa」，一群後腦勺都被安裝上晶片的無自我意識居民居住的城鎮。一行人之後碰到哈珀，一個與這背後的一切都有關聯的人，但是她逃走了，接著他們被四個被控制的居民找上並帶到帕瑪的面前。帕瑪是一台由大量紅石設備製成、能用意識控制任何頭上一樣晶片的生物（它把這描述為變得「有用」）的機器人。

帕瑪先表示歡迎他們來到Crown Mesa，但是發現這四人不是這顆星球的人。她想知道關於他們的一切問題，但傑西一直不告訴她，她就把佩特拉和盧卡斯變得「有用」。正當傑西險些被變得「有用」時，他和艾佛試圖使帕瑪思緒混亂後轉移能量。傑西和艾佛兩人逃走後和哈珀一起去她的秘密實驗室。在去她秘密實驗室的路上，他們偶然發現水能摧毀紅石晶片。在實驗室入口，三人就碰到一群被帕瑪控制的生物，其中就包括佩特拉和盧卡斯。傑西通過朝其潑水的方式拆下了佩特拉/盧卡斯的晶片。在哈珀被抓走前給了傑西一枝玫瑰，並要傑西去破解機關。破除機關後，傑西使用了耳機（頭戴式受話器）來反過來控制帕瑪的侍從們，但同時也要在他被包圍時轉移到另一個侍從上。傑西趕在哈珀被變得「有用」前擺脫了綁架。她接下來告訴傑西要在她被帕瑪的控制前，前進到她的中央核心並移除紅石核心。接著三人向帕瑪的中央核心前進。

五人走上階梯後看到一扇門，突然哈珀無預警的就把他們推了下去，他們掉進了一場極限掘一死戰的比賽。在盧卡斯和艾佛/佩特拉被殺死後，傑西拔出他的劍要報仇。但他不知道這樣犯規。哈德里安、奧托和瑪維亞宣布遊戲暫停，向傑西說明「遊戲規則」。而盧卡斯和艾佛/佩特拉重生但被強迫去挖礦，而傑西和艾佛/佩特拉被安排待在選手村裡。

在選手村，傑西和艾佛/佩特拉試圖與其他選手相處，其中有人提到一個叫提姆的人，他是唯一一個能贏得比賽的人。讓Facemeat得到一塊麵包後，他就允許盧卡斯和艾佛/佩特拉離開礦坑。哈珀和奧托還告知他們是站在他們那一邊，然後四人就休息，度過這一夜。隔天早晨，傑西和艾佛/佩特拉參加了第二天的比賽。綠隊要求休戰，傑西同意/拒絕。然後開始比賽，最終選手進入了鬥劍士的區域內。傑西勉強能活著完成，他能夠幫助奈爾（在綠隊裡）取得勝利。傑西並不知道，跟奈爾同隊的艾蜜莉在幫助海德里安消滅傑西。後來，Slab跟傑西說海德里安想要見他，傑西勉強同意。

在海德里安的辦公室裡，海德里安對傑西說他贏得了比賽。同時，傑西發現提姆只是海德里安虛構出來的人。打破一堵牆後，海德里安說他叫瑪維亞把奧莉維亞、艾克索和魯奔（第一集的售票員）抓起來了，海德里安改變了主意，說如果傑西贏了，那麼奧莉維亞和艾克索就要永遠當礦工。如果輸了，他所有的朋友都能離開，但他必須留下。傑西同意/拒絕這場交易，然後就被送回選手村。回到選手村，傑西告訴選手海德里安已經操縱了他們的比賽，還讓他們知道提姆是假的（取決於玩家的選擇），然後他們又休息了一夜。

隔天，每個人都參加了最後一項比賽「迷牆」。傑西進入了一塊積滿泥土和礫石的場地。在牆倒塌後，所有參與者都一起獲勝，這是他們早就計畫好的了。奧托為了遵守承諾，給了傑西地圖集，海德里安和瑪維亞不接受這樣的結果，就用黑曜石把奧托困住，又跟傑西戰鬥，將其殺死。傑西重生後，發現其他參賽者和傑西的朋友們都逃出來了，傑西得到了「提姆的盔甲」，最後把海德里安和瑪維亞殺死，也得到了地圖集。海德里安和瑪維亞在牢房裡重生，因為大家都開始造反，沒有人在聽命他們兩個行事了。爾傑西、艾克索、佩特拉、盧卡斯、奧莉維亞和艾佛跟大家告別後回自己的星球後把戰利品陳列。就要走的時候，傑西一行人看到艾佛拿著地圖集和附魔的打火石跑了，傑西追上去阻止/就讓他好好的冒險。

一年後，盧卡斯計畫要出版一部小說：傑西和他的朋友們度過許多艱難冒險以及他們獲得了巨大的名聲。盧卡斯完成後，傑西、艾克索和奧莉維亞對小說做出評論，盧卡斯同意一些地方做修改。接者，傑西雇用的助手———雷達前來向各位打招呼。五人走出岩石之令的總部，各自分開準備成立日的各種慶祝活動，一切都處理完後，傑西來到礦坑去見佩特拉，並交由雷達暫時負責燈塔鎮的事務。

在礦坑，傑西與佩特拉碰面並一同擊退前來搗亂的殭屍們。佩特拉為了找到一隻「神秘的猛獸」而拜託傑西一起找，順便與傑西賽跑，結果是一隻羊駝。他們抓住那隻羊駝，並意外發現了一個奇怪的手套。它在一堆礫石堆頂上，低語傑西的名字，傑西走過去時，那隻手套直接套在他的右手上，而且無論如何就是無法把它脫下。他們正站著的塔倒塌並露出一個無底深淵。傑西和佩特拉採取行動迅速地封鎖了深坑，然後穿過一個洞逃脫了。回到地表，傑西立了個警告告示牌，並走向勇士城來把羊駝帶還給史黛拉，以換回佩特拉的金劍。

到了勇士城，他們見到了史黛拉並將羊駝還給她。史黛拉接下來對佩特拉說「冒險」是一個騙局，拒絕還給她她的金劍，並且說她現在已經住在勇士城了，這讓傑西很難過。兩人覺得唯一夠本的方法是偷回金劍，他們決定與保鏢打鬥/偷偷溜進去。他們順利溜進了史黛拉的藏寶室，結果注意到佩特拉的金劍不在那裡。史黛拉尷尬地出現，然後認輸，把劍給回了佩特拉。正當他們離開時，史黛拉告訴他們這次遭遇是他們對抗的一個重要日子。

在回到燈塔鎮的路上，傑西和佩特拉封住的深坑突然爆炸，噴出了許多高壓苦力怕，不過他們輕易擊退了它們並再次封住了坑。兩人回到燈塔鎮去見傑克，他以前是一位探險家，並收集了很多寶物。他們到了厄運小徑去了「傑克和諾姆的冒險商店」。傑克告訴傑西關於海鱗石手套的事，並把他們介紹給了努爾姆，傑西請求傑克帶他們去海底神廟。傑克起初拒絕幫助他們，因為海底神廟是他對過去冒險的陰影，但最終還是同意了他們的請求。四人準備好後，傑西並請求/不要他們不在的期間讓雷達擔任代理負責人。

在去海底神廟的路上，傑克說有人認為海底神殿是由一種傳說中叫做「管理員」的生物管理的，它有著自己的一套規則。大家穿上潛水頭盔，游向海底神廟，並進入其中。進入後，他們遇到了遠古深海守衛並輕鬆逃過它們。傑西打開了謎題門，同時救出了沃斯。傑克很驚訝沃斯還活著，接著五人抵達神廟的核心部分。在盡頭，五人找到了兩個結構方塊，但傑西選擇其中一個後，另一個結構方塊就消失了，意味著只能二選一。但是接者數個海鱗石製的機器人守衛甦醒，包括巨大的海麟石像機器人管理員，並上前與傑西一行人決鬥，但他們很快的就把那些機器人打敗。傑西幫助佩特拉/傑克後，五人勉強得以存活並逃回燈塔鎮。回到燈塔鎮，傑西用結構方塊堵住了深坑，並且慶祝了成立日。就當慶典將要開始的時候，一隻巨人管理員追著傑西一行人到燈塔鎮，並說要徹底打敗他。

管理員在燈塔鎮找到傑西，並發起攻擊，破壞了燈塔鎮的許多建築。管理員用巨鐘將時間調成晚上，搶走了傑西的結構方塊並將其吞下。就在管理員要吞下傑西時，盧卡斯及時地用箭射中了管理員的眼睛，並解救了傑西。傑西發現，管理員的後腦勺有個符號，這個符號與那些機器人守衛後腦勺的符號一樣，於是傑西意識到，攻擊那個符號是能夠有效讓巨人停機的唯一方式。在緊急時刻，傑西騎上盧卡斯的馬，爬上了管理員身上，然後將其幹掉。停機的管理員掉落了大量海潾石碎片和巨鐘，傑西利用它調回白天。

事後，傑西和其他人盡力重建燈塔鎮，並且傑西將「時鐘大師」的名號給予盧卡斯/雷達，並讓他守著巨鐘。傑西碰見了傑克和沃斯，他們無意中泄露了傑西、努爾姆、佩特拉將進行一場冒險。突然，傑西和佩特拉瞥見了燈塔鎮下了雪，並揭示管理員是一個雪人。那個雪人給予傑西挑戰：燈塔鎮會陷入永夜，並陷入「管理員」聲稱的「在我的美輪美奐、無與倫比、絕望的超死亡冰宮的頭號頂峰」的怪物的伏擊中。傑西等人對抗眾多的流髑與殭屍，隨後傑西、佩特拉、盧卡斯、雷達、傑克、沃斯前往冰宮。在前往冰宮的路上，他們再度碰見了小月、史黛拉，再一次討論他們之間的「競爭」。她後來便跟著他們，以便「監視他們」。史黛拉隨後透露，雷達最初是史黛拉的庫存管理團隊的一部分，並堅持認為傑西要小心雷達有太多的領導作用。

在冰宮，雪人把他們扔進巨洞裡，傑西可以讓盧卡斯/佩特拉尋找能夠到達頂部的路。他們通過一個過山車般的迷宮，再次遇見雪人，雪人給予他們許多挑戰：射箭、跑酷、攻打雪人魔像。管理員執意認為只有一個人能贏，並把雷達丟入其他關卡，將沃斯隨機地消失。然後他們（傑西、盧卡斯、雷達/傑西、佩特拉、傑克和沃斯）用鑽石鎬挖開一條出路，並且面對許多管理員輕手打造的變種生物———終界苦力怕。傑西讓佩特拉/傑克擊破頂部的鐘，後解救被困在冰凍機關的史黛拉/對史黛拉置之不理。傑克/佩特拉到達並破壞了鐘，將地球調回正常的時間。傑克堅持要找到沃斯，其他人也幫助傑克一起找。找到後，他們發現，沃斯的真實身分竟是管理員，管理員表示，真正的沃斯早已離世。並堅持與史黛拉合作/把史黛拉留在冰凍機關中。接著，管理員把傑西一行人傳送到某個地方去。

傑西醒來後，發現自己被傳送到一個充斥著黑曜石和岩漿的地方，一個播音器告訴傑西要去沿著一條「橙色的線」以進入「登記台」。傑西照做後，他來到了一個叫「陽光研究院」的地方。典獄長見了傑西，並告訴他這座研究院實際上是一所對「異類團」的感化院。佩特拉/傑克也被傳送過來了，並與傑西一起攻擊了典獄長和其身邊的機器人守衛，以爭得了逃跑的時間。兩人與怪物們和機器人守衛跑追了一番，好不容易躲過它們的追捕，在嘗試著爬上了迷宮頂部時，不巧被機器人守衛發現並抓住。事後，典獄長將佩特拉/傑克送去「蘑菇房」，並將傑西帶到他的辦公室。

在辦公室裡，典獄長利用雷達和諾姆的性命來威脅傑西，並且把雷達置於「鋼鐵奪命機」之下，在這之下，傑西終於願意為典獄長工作/仍寧死不屈。史黛拉也出現了，又再次提到了他們之間的「競爭」 。接著三個人（傑西、史黛拉和雷達）前往蘑菇房，在裡面，他們遇見Bigbst4tz2。傑西也與許多囚犯聊天，並給雷達一塊餅乾/一碗蘑菇湯。突然，囚犯X試圖逃脫「陽光學院」，Bigbst4tz2要求四人（傑西、雷達、佩特拉/傑克和諾姆）躲進安全的牢房。佩特拉/傑克向傑西解釋說，囚犯X被鎖在這座牢房的最深處，傑西認為他們需要囚犯X的幫忙。回到蘑菇房，傑西相信如果他發現牛血做了違反規則的事情，那麼他就可以獲得晉升。典獄長向傑西解釋說，他必須剪掉哞菇身上的蘑菇才能晉升，不過傑西仍然不肯動手，而被降級為「來賓」。事後被帶到殭屍礦山。傑西發現，有一個紅石電路連接到賽納的牢房，所以需要一個控制桿，才能連結它。傑西正計劃製造一個控制桿，並與史黛拉休戰，而且打開了通往最深處的門。就在傑西即將進入囚犯X的牢房時，管理員出現了，並懲罰典獄長，將其降級為「來賓」，因為他沒有辦法控制住傑西。並要求傑西與佩特拉/傑克作戰，後兩人計畫藉此暗殺管理員，但被發現，被要求戰鬥結束。接著管理員把自己的外觀變成跟傑西一模一樣，並帶著史黛拉一起去到燈塔鎮。然後五人（傑西、佩特拉、傑克、雷達和努爾姆）去囚犯X的牢房裡尋找她。不過門關得很快，佩特拉、傑克和雷達被鎖在外面，而傑西與諾姆繼續尋找她

在囚犯X的牢房裡，她透露了管理員的本名：羅密歐。也說明自己的本名為賽娜。賽娜同意幫助傑西逃離，不過他們中的一個（諾姆或小月）必須留在牢裡，這樣炸藥陷阱才不會被觸發，許多囚犯紛紛逃離陽光研究院。典獄長對於賽娜的逃跑感到憤怒，並表示說賽娜曾是管理員。當典獄長要點燃TNT的那一瞬間，賽娜用劇毒箭矢射死他。六人（傑西，佩特拉，雷達，傑克，賽娜和諾姆/小月）與許多怪物作戰，包括管理員自創的蜘蛛苦力怕和三面地獄幽靈。然後賽娜又透露：還有另一個管理員，叫作弗來德，在他們與羅密歐的戰鬥中死亡。她還表明，剝奪羅密歐的力量的唯一辦法是去到基岩層的底下。

傑西、賽娜、佩特拉、雷達、傑克和諾姆/小月來到了基岩下方，而賽娜也表示這是她、羅密歐和弗來德第一顆建造的星球，但之後羅密歐卻用基岩覆蓋這顆星球，從此不見天日，並在塔中的某個房間把弗來德殺死。突然，一隻巨型終界使者前來要拆除塔，但他們還是成功逃脫了，並前往賽娜所說的綠洲————一座能支持自動農業種植的城市。但這座城市已經一片狼藉。莎拉在被破壞的床旁發怒。事後並告訴傑西，要回去他們的星球只能通過一個傳送門，而開啟傳送門的鑰匙這是弗來德的秘密武器。於是傑西、佩特拉、雷達、傑克和努爾姆/小月搭乘礦車前往弗來德的寶庫。

在路上，巨型終界使者毀了軌道，使得隊伍分離。傑西和傑克懸持在懸崖邊緣，然後「清道夫」們前來查看動靜。他們表示，如果傑西和傑克提供劍作為交易，他們可以幫助兩人上來。傑西考慮後，決定給予他們劍/仍然拒絕這場交易，他們幫助傑西和傑克拉到地上/傑克掉了下去，下落不明，而傑西差點掉下去時抓住一些東西而安全地爬上來。之後傑西、佩特拉、雷達、努爾姆/小月和傑克（如果傑西同意給劍）終於到達了弗來德的寶庫。

在這裡，他們見到了寶庫的主管賓塔。賓塔告訴他們，只有贏得知識競賽，他們才能進入弗來德的房子，傑西同意了。傑西通過與這裡的其他人討論來搜取關於弗來德的一些情報，因而得知弗來德最喜歡的工具是鑽石鋤、寵物雞的名字叫胡扯蛋、最喜歡的顏色是青金石藍、最喜歡的木材是樺木（賽娜先前告訴過傑西）。肯特是弗來德生前最親近的摯友，此前勝券總掌握在他手中，因此他時常自信滿滿。之後傑西贏了/輸了，他進入後在房裡開始自由地搜索武器/但他試著潛入並尋找武器。然而，「武器」事實上在弗來德的個人日記中。儘管如此，傑西相信弗來德的人民在傑西來自的星球生活會更好。在賓塔做準備的同時，傑西、佩特拉、雷達、努爾姆/小月和/或傑克向羅密歐堡進發。

去羅密歐堡的路上，礦車撞到了溝中，佩特拉、雷達、努爾姆/小月和/或傑克被由羅密歐下令謀殺傑西的守衛使用緩速藥水攻擊。在一番打鬥後，守衛向傑西表示他的真實身份就是艾弗。據艾弗所述，羅密歐給他岩石之令的護身符以追蹤到「冒牌貨」（真傑西）並將其殺死。傑西要艾弗編造一個謊言來欺騙羅密歐，而艾弗將護身符交給傑西使用。之後艾弗就在一縷白煙中消失了。

到了羅密歐堡，一行人與羅密歐的「軍隊」們對峙，結果所謂的「軍隊」只是一台唱片機。得知一行人為何而來後，那兩個成員允許一行人進入城堡，然後讓他們與有著注入熔岩、成群結隊的怪物的「羅密歐的死亡挑戰」較量。他們在挑戰中得以存活，後來到到一座小屋。小屋內，佩特拉跟傑西談道他們不能彼此溝通，但二者之後和解，把分歧放在一邊。兩人之後通過解決一個謎題，得知對抗羅密歐的武器叫做「#馬鈴薯451」的某個通關密語，然後返回綠洲。

回到綠洲，傑西點燃煙火向弗來德的寶庫的人們發信號，接著把弗來德的「武器」拿給莎拉。突然，那隻巨型終界使者又出現了，並試圖拆毀傳送門，但很快傑西就重建好了。傑西要求雷達分散終界使者的注意/要雷達跟他們一起走。一行人穿過了傳送門，回到傑西的星球。傑西、佩特拉、傑克、努爾姆/小月，以及雷達/弗來德的寶庫的人們出現在岩石之令的舊神殿旁。傑西看到遠處正在放煙火，燈塔鎮早已被羅密歐掌控了。

傑西、傑克、努爾姆/小月、雷達/賓塔、佩特拉為了避免被羅密歐發現，於是決定從連結到礦坑的洞窟回到燈塔鎮，發現羅密歐正在路上與艾克索、奧莉維亞和史黛拉談關於「JesseCon」要準備的事物，而且對任何人的態度都非常惡劣。傑西試著小聲引起艾克索和奧莉維亞的注意，致使他們還以為重影。若傑西在第四章沒把床給莎拉而是讓她反抗：當羅密歐走向燈塔鎮大門時，賽娜突然衝向羅密歐要報仇，卻反被羅密歐殺死。於是傑西、傑克、努爾姆/小月、雷達/賓塔、艾克索、奧莉維亞來到傑克和努爾姆的商店暫時躲避。在商店裡，很多東西都被掠奪，除了鞘翅。其間，原先被關在賽娜的狹小牢房裡的小月/努爾姆突然出現，隨後艾弗蹦了出來。艾弗說自己已經成為忍者，破掉了這個牢籠並把小月/努爾姆帶出來。

傑西回到燈塔鎮的中央後，觀察燈塔鎮被羅密歐管理後的模樣。許多人都表示厭惡和畏懼傑西，有時還會遇到警衛正在催人準備JesseCon活動。傑西路過肉鋪，肉鋪店主拿出三個豬排，讓傑西吃。（片頭有肉鋪店主被催殺豬的場景。殺的三隻豬正好是傑西在第一集選擇可以扮演魯賓的三隻豬。）不過傑西不吃/忍痛吃其中一個豬排。傑西遇到先前為奈爾的雕象，他選擇保留羅密歐的破壞/回復原樣。如果保留：奈爾不會發生任何事；若選擇重整：接著：羅密歐突然出現，發現雕象被還原，氣得叫機器人守衛抓走奈爾。

羅密歐要開一個所謂的「煙火晚會」，即JesseCon。此前，傑西碰到史黛拉，史黛拉認出其為真正的傑西。傑西等人闖進後台並實施一些計劃。傑西合成一些煙火。然後，傑西攜帶者鞘翅並同時放飛煙火，到達浮空塔，並放置一桶水以作通知，而艾克索和奧莉維亞則繼續主持JesseCon以引開羅密歐的注意，而實際執行比想像中還出乎意料的順利。在浮空塔裡，傑西遇見盧卡斯等人，並向盧卡斯等人解釋管理員的事情，讓盧卡斯願意相信羅密歐的陰謀並幫助傑西。傑西在浮空塔頂端，遇見了羅密歐，傑西讓山貓隊直接衝上去/說理談判。羅密歐說，他要放棄這個世界，因為人民很難「管教」，並設法用基岩封住天空。隨後，傑西、佩特拉等人進入能夠剝奪羅密歐的力量的終端。

進入終端後，傑西使用「#馬鈴薯451」的通關密語，並按照弗來德的全息影像的提示操作，得到一個黃色的手套。不料羅密歐來到了終端，同時被傳送至各個地方，一番打鬥後，最終傑西奮力的一拳，成功將羅密歐的力量消去。

在終端，傑西遇見了賓塔/雷達（若玩家在第四章選擇先帶賓塔等人離開）。終端即將瓦解，傑西帶著羅密歐離開/要羅密歐留下來「贖罪」。如果選擇帶走羅密歐：在通往傳送門的斷橋上遇到巨石機器人，羅密歐將其引走，以犧牲作為贖罪/雷達無意間也將巨型終界使者引到終端，巨石機器人將注意力轉移到終界使者上，兩者開始相互襲擊。傑西等人躲過熔岩，躍過斷橋，和同伴們一起回到了燈塔鎮。