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对微软的批评围绕着其产品和商业运作等各个方面。软件的易用性、稳定性以及软件安全问题是受到批评的共同目标。踏入21世纪，Microsoft Windows和其他程序的安全漏洞成了一些恶意软件事故中的目标。微软还被指责在产品中锁定销售商和消费者，软件没有遵循现行标准^[1]^[2]。Linux和Windows的总体拥有成本比较也是长期的争议点^[3]。

公司一直是政府和其他企业众多反垄断诉讼的中心。2004年，欧盟裁定微软在欧盟微软竞争案中罪名成立。此外，Microsoft程序的最终用户许可协议经常被批评过于严格^[4]。

垄断

微軟的Windows產品壟斷桌面電腦作業系統市場。持此看法的人指出，幾乎所有市場上出售的個人電腦都預裝有微軟的Windows作業系統。

一些觀察家聲稱，微軟作為一個壟斷企業令其競爭對手處境窘困：

一方面，競爭對手不願意承認微軟的壟斷地位。因為在一個被壟斷的市場，只有一家產品或服務的提供商。因此對競爭對手而言，將微軟稱為壟斷者會將自己置於一個失敗者的境地：這樣做等於是否定了自己的存在，或否定了自己能夠生存、競爭的能力。
另一方面，競爭對手又希望將微軟比作壟斷企業，因為這樣做會給自己帶來好處。首先，這有可能導致市場管理者（政府）的介入。其次，被看作是「落水狗」的微軟競爭對手有可能在公共關係上取勝，以刺激銷售。

無論微軟是否是壟斷企業，我們可以肯定的是：

在多數微型電腦软件市場，微軟是主導企業。
這種主導引發很多的不滿。
這種不滿不僅僅只存在於競爭對手中間。

微软的垄断地位

有人批评微软试图利用其在桌上电脑作業系統市場上的壟斷地位來擴大其在其他市場上的市場份額，例如网页浏览器（Internet Explorer）、作業系統（Windows NT）伺服器作業系統（Windows NT Server）、辦公室套裝軟體（Microsoft Office），多媒體播放軟體（Windows Media Player）。

在微軟將IE直接附加在Windows作業系統上後，微軟在瀏覽器獲得了非常大的佔有率。正是由於這種行為，微軟被美國聯邦法庭裁定濫用其在美國的作業系統市場的主導優勢。（詳情參見美國訴微軟案）。

面對這些指控中，微軟認為它只是在滿足客戶需求，提供給Windows使用者免費的瀏覽器（IE）。

也有人批評微軟的商業策略是「擁抱再擴充」（embrace and extend）策略。批評者認為微軟試圖在開放、已確立的標準之上加入專利功能，最終達到利用其市場優勢來控制「擴充」的標準。有些人將這種策略稱之為「擁抱、擴充再消滅」（embrace, extend and extinguish）。

2004年3月，微軟公司因違反歐盟公平競爭法，被歐盟委員會要求向競爭對手提供包括Windows操作系统源代码在内的必要技術資訊，并被处近5亿欧元的罚款，创下欧盟罚款的最高纪录。

2006年4月24日，歐洲初審法院正式開庭審理微軟公司與歐盟委員會在軟體市場上的爭端。^[5]

2007年9月17日，歐洲初審法院裁定，維持歐盟委員會對微軟公司做出的反壟斷處罰決定。^[6]

2008年2月，微軟因未能執行2004年歐盟的反壟斷裁決，被歐盟處以8.99億歐元罰款。至此，歐盟已經以違反反壟斷法和未執行反壟斷裁決為名對微軟處以總計16.8億歐元的罰款。微軟也是第一個因不合作態度而被處罰的公司^[7]。

微軟在中國大陸也遭到有人舉報涉嫌壟斷行為，並提出10億美元的索賠。舉報人在舉報信中說「微軟的全球統一價策略和在作業系統捆綁應用軟件的做法違反了《中華人民共和國反壟斷法》」，但中國國家發改委並未受理。^[8]^[9]而微軟（中國）有限公司董事長張亞勤接受《第一財經日報》獨家專訪時就《反壟斷法》表態：「由於微軟大部分以非正版方式存在，正版產品市場佔有率很小，因此微軟在中國構成壟斷的前提不存在。」^[10]在一些調查中顯示中國網民使用過番茄花園或類似的修改版作業系統的比例有六成之多，使用原版XP的網民不足一成。^[11]^[12]^[13]2014年7月28日，中国国家工商行政管理总局组织由北京、上海、广东、四川、福建、湖北、江苏、重庆、河北等9省市近百名工商执法人员对微软公司在中国大陆的四个经营场所，即微软（中国）有限公司以及上海、广州、成都分公司进行了反垄断突击检查。^[14]针对中国国家工商总局的反垄断突击检查，微软(中国)有限公司7月30日发表声明称，微软始终如一遵守并符合中国法律法规，会积极解答政府部门可能有的疑问。^[15]2016年1月5日，中国国家工商总局专案组再次对微软公司、微软大中华区有关负责人进行反垄断询问调查，但微软没有作出回应^[16]。

对消费者失信

2014年9月23日，微软宣布将自家旗下的网络硬盘 OneDrive的免费用户永久存储空间上调至15GB，如果用户使用OneDrive备份照片则可再获得15GB奖励(線上照片納入OneDrive 5GB)。2014年10月28日，微软宣布为所有Office 365订阅用户提供无限云存储服务。然而，在2015年11月3日，又宣布因为部分用户存在滥用问题，将在2016年取消为Office 365订阅用户提供无限云存储服务的计划。Office 365订阅用户的云存储空间将变为1TB，免费用户的云存储空间（包括先前的老用户奖励和上传照片奖励的空间）则一律降低至5GB。此举引起Onedrive用户的不满。2015年12月12日，在收到累计超过7万名用户的抗议后，微软做出妥协。所有在2016年前注册的用户在登陆微软指定的网站登记，登记后就可以保持免费存储容量不变。但没有登记的用户和2015年12月31后新注册的用户的免费空间都会缩减到5GB，Office365的订阅用户也不能继续保持无限存储空间。

微软在2014年9月承诺允许所有的Windows Phone 8设备免费升级至Windows 10 Mobile，但是在2016年3月17日反悔，宣称只有18台Windows Phone 8.1设备可以升级至Windows 10 Mobile，参与预览体验计划预先升级至Windows 10 Mobile的设备一律处于不受支持状态，此举引发了参与预览体验计划的用户和Windows Phone用户的不满。