莫霍羅維契奇一開始在札格雷布的體育館擔任教職(1879 -1880),後來到奧西耶克的學校教書。他在1882年到位在 Bakar 的皇家航海學校教書,地點在里耶卡附近,持續九年的時間。1893年起,他成為南斯拉夫科學藝術院的通訊會員,也到札格雷布大學的哲學系教授地球物理學及天文學,一直到1917年為止。1898年他成為南斯拉夫科學藝術院的會員,也是編外講師(private docent)。他在1910年成為大學的領銜助理教授。
氣象學的研究
莫霍羅維契奇在 Bakar 的皇家航海學校任教時開始接觸氣象學,他對氣象學感興趣到一個程度,以致於他在1887年建立了地區性的氣象站,後來針對克羅埃西亞及斯洛維尼亞地區的 Observation of Precipitation 機構作系統性的氣象觀察、量測、分析,也製作一些量測或分析時需要的儀器。1891年基於他的要求,他調到札格雷布的學校,在1892年在 Grič 建立氣象站,對全克羅埃西亞地區提供氣象方面的服務,同時也在大學教授地球物理學及天文學。
在1892年莫霍羅維契奇觀測到一個非凡的氣象現象,那就是1892年3月31日位在 Novska 的龍捲風,這個龍捲風捲起13噸火車車廂及50名乘客,丟到50公尺遠的地方。他也觀測1898年在 Cazma 附近的旋風,也研究札格雷布市的氣候。他最後一篇氣象學的論文在1901年發表,提出大氣溫度會隨著高度而遞減。他長年觀察雲所累積的資料成為他學位論文《On the Observation of Clouds, the Daily and Annual Cloud Period in Bakar》的基礎,也使他在1893年得到博士學位。