吳士元（？—？），中國清朝官員，河南固始人。

吳士元為舉人出身，乾隆十七年（1752年）任台灣府鳳山縣知縣，乾隆十九年（1754年）署彰化縣知縣，同年離任。

• 彰化縣

• 劉寧顏編，《重修台灣省通志》，台北市，台灣省文獻委員會，1994年。