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分子力学采用经典力学来模拟分子体系。在分子力学中，使用分子力场方法计算出所有系统的势能。分子力学可用于研究小分子，也可用于研究具有成千乃至上百万原子数的大型生物系统或材料。

全原子分子力学方法具有以下性质：

这个方法有几个可能的变体。例如，许多模拟方法曾使用“原子团”模型（此模型将一个甲基基团或亚甲基单元视为单个粒子），而大型蛋白系统则通常使用“珠”模型（此模型将一个氨基酸视为二至四个粒子）进行模拟。

函数形式

下文中的函数（即化学势函数，或称化学力场函数），用于在给定的构象下，对独立能量进行加和，计算分子体系的势能（E）。

$\ E=E_{\text{covalent}}+E_{\text{noncovalent}}\,$

其中，共价键和非共价键的贡献由下面的和式求出：

$\ E_{\text{covalent}}=E_{\text{bond}}+E_{\text{angle}}+E_{\text{dihedral}}$

$\ E_{\text{noncovalent}}=E_{\text{electrostatic}}+E_{\text{van der Waals}}$

分子体系的确切的势能函数形式，或其分子力场形式，取决于所使用的特定的仿真程序。

分子力学的一个应用是能量最小化。换句话说，将力场原则用作优化准则，通过适当算法（如最速下降法）寻找（局部）最小值。

这个列表不完整。有许多列表中未包含的软件可以用于进行分子力学模拟的计算。

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