Đội tham dự vòng loại Giải vô địch bóng đá U21 châu Âu từ năm 1990. Họ không tham dự vòng loại các năm 2000 và 2002. Cho đến vòng loại năm 2015, họ thắng được 2 trận, mà các đối thủ của họ đều bị xử thua. Ở vòng loại năm 2004, họ thua Thụy Điển 6–0 nhưng UEFA sau đó đã xử thắng 3–0 cho San Marino do Thụy Điển dùng các cầu thủ bị treo giò trong đội hình của họ. Ở vòng sơ loại của vòng loại năm 2007, họ thua Armenia 2–1 nhưng UEFA cũng xử thắng 3–0 cho San Marino. Vào tháng 6 năm 2012, họ đã cầm hòa Hy Lạp 0-0 ở vòng loại năm 2013. Vào ngày 6 tháng 9 năm 2013, San Marino đã có chiến thắng đầu tiên với tỷ số 1–0 trước Xứ Wales tại Sân vận động Olimpico trong vòng loại năm 2015. Đây cũng là chiến thắng đầu tiên của bất kỳ đội tuyển quốc gia San Marino nào kể từ chiến thắng 2-1 của đội U-17 trước Andorra vào năm 2002.[1]
