Hãng này được lập ngày 4 tháng 8 năm 1961 với tên Yemen Airlines và bắt đầu hoạt động năm 1962. Hãng đã được tổ chức lại và được đổi tên thành Yemen Airways năm 1972, sau khi bị quốc hữu hoá. Tên gọi Yemenia đã được dùng ngày 1 tháng 7 năm 1978, sau một thoả thuận chung đầu năm 1977 về một hãng hàng không mới giữa chính phủ Cộng hoà Ả Rập Yemen, ngày nay là Cộng hoà Yemen, và Ả Rập Xê Út. Chính phủ Yemen sở hữu 51%, chính phủ Ả Rập Xê Út sở hữu 49%.[1]
Năm 2001, một trận hoả hoạn thiêu cháy trụ sở Yemenia ở San'a.[2]
Năm 2016,Sân bay quốc tế Sana'a đã bị sự cố trong lúc Chiến tranh Yemen, nên hãng Yemenia phải đóng cửa toàn bộ chuyến bay
^Ahmed Amir & Andrew Cawthorne, Jon Hemming (ngày 29 tháng 6 năm 2009). “Yemeni plane crashes in Comoros, 150 on board”. News (bằng tiếng Anh). Reuters. Truy cập ngày 30 tháng 6 năm 2009.Quản lý CS1: sử dụng tham số tác giả (liên kết)