Trước năm 1999, huyện Vị Thủy ngày nay là một phần huyện Vị Thanh, tỉnh Cần Thơ cũ.
Ngày 1 tháng 7 năm 1999, Chính phủ ban hành Nghị định số 45/1999/NĐ-CP[1] về việc:
Thành lập thị xã Vị Thanh trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của thị trấn Vị Thanh, xã Vị Tân, xã Hỏa Lựu, xã Hỏa Tiến, 438 ha diện tích tự nhiên và 6.326 nhân khẩu của xã Vị Đông, huyện Vị Thanh.
Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, huyện Vị Thanh còn lại 20.849,65 ha diện tích tự nhiên và 85.342 nhân khẩu và được đổi tên thành huyện Vị Thủy.
Chuyển xã Vị Thắng thuộc huyện Long Mỹ với 2.321,49 ha diện tích tự nhiên và 9.796 nhân khẩu về huyện Vị Thủy quản lý.
Thành lập thị trấn Nàng Mau trên cơ sở 420 ha diện tích tự nhiên và 3.803 nhân khẩu của xã Vị Thủy; 204 ha diện tích tự nhiên và 1.819 nhân khẩu của xã Vị Thắng.
Thành lập xã Vị Bình trên cơ sở 2.108,52 ha diện tích tự nhiên và 8.252 nhân khẩu của xã Vị Thanh.
Thành lập xã Vị Trung trên cơ sở 2.141,73 ha diện tích tự nhiên và 8.299 nhân khẩu của xã Vị Thủy.
Sau khi thành lập, huyện Vị Thủy có 23.171,04 ha diện tích tự nhiên và 95.138 nhân khẩu, gồm 10 đơn vị hành chính cấp xã là thị trấn Nàng Mau và 9 xã: Vị Bình, Vị Trung, Vị Thủy, Vị Đông, Vị Thanh, Vĩnh Tường, Vĩnh Trung, Vĩnh Thuận Tây, Vị Thắng.
^ abcCục Thống kê tỉnh Hậu Giang (14 tháng 7 năm 2023). “Niên giám Thống kê tỉnh Hậu Giang năm 2022”. Cổng thông tin điện tử tỉnh Hậu Giang. tr. 63. Bản gốc lưu trữ ngày 14 tháng 7 năm 2023. Truy cập ngày 14 tháng 7 năm 2023.