Sau khi Bảo Thánh hoàng hậu qua đời (1293), bà được quyền quản lý mọi việc trong Hậu cung. Sách ĐVSKTT ghi nhận, "Bấy giờ, Tuyên Từ thái hậu từ khi Khâm Từ băng, phải quản việc trong cung, tính người khó khăn nóng nảy, dạy bảo rất nghiêm, mà vua vâng theo rất kính cẩn"[1].
Năm Hưng Long thứ 16 (1308), Thái thượng hoàng Trần Nhân Tông băng hà.
Năm Hưng Long thứ 22 (1314), Anh Tông nhường ngôi cho Thái tử Trần Mạnh kế nghiệp, tức Trần Minh Tông. Theo lý thuyết, bà là tổ mẫu (trên danh nghĩa) của Minh Tông, nên có lẽ tôn làm Thái hoàng thái hậu. Anh Tông khi ấy từng hỏi Chiêu Văn vương Trần Nhật Duật chuyện này[2] và tấn phong, tuy nhiên việc này chép sau khi Tuyên Từ Thái hậu băng, và rất có thể việc tấn tôn là truy tặng, như trường hợp Anh Tông đã làm khi lập Minh Tông làm Thái tử (1309), đã tấn tôn mẹ ruột Khâm Từ Thái hậu làm Thái hoàng thái hậu[3].
Theo ĐVSKTT: Trước đây, Nhân Tông từng dặn lại Anh Tông ngày sau phải đem dì (tức là Tuyên Từ Thái hậu) táng ở cạnh lăng và vẽ bản đồ chôn cất thành huyệt hình thước thợ trao lại. Đến đây, Thượng hoàng theo di mệnh, đào cạnh lăng để chôn. Đất lăng nhiều bùn lầy, tiếng đào đắp vang động cả khu lăng. Thượng hoàng có vẻ lo. Trước đây, khi sắp chôn Thái hậu [vào đấy], các quan tâu rằng không nên làm kinh động lăng tẩm. Thượng hoàng nói: "Tiên đế có lệnh, ta không dám trái. Nếu có tổn hại gì, ta sẽ chịu cả".
^Nguyên văn ĐVSKTT bản chữ Hán - kỷ Trần Anh Tông: 東宫太子奣為皇太子追尊欽慈保聖太后為太皇太后; Sách Đông cung thái tử Mạnh vi Hoàng thái tử, truy tôn Khâm Từ Bảo Thánh Thái Hậu vi Thái hoàng thái hậu.