Năm 1807Louis Bonaparte trở thành vua Holland và Giáo hoàng Piô VII đã chia các lãnh thổ hải ngoại của Hà Lan thành ba giáo tỉnh, 2 trong số đó thuộc vùng Antilles và 1 thuộc vùng Đông Ấn có trụ sở tại Batavia, ngày nay là Jakarta. Vào năm sau, một Phủ doãn Tông tòa đã được chỉ định, tuy nhiên đến năm 1826 Hạt Phủ doãn Tông tòa Batavia trên thực tế mới được thành lập, trên phần lãnh thổ tách ra từ Hạt Phủ doãn Tông tòa Bourbon, hay còn được gọi là Hạt Phủ doãn Tông tòa các Vùng biển phía Nam.
Hạt Phủ doãn Tông tòa Quần đảo Sunda Nhỏ (hiện là Tổng giáo phận Ende) vào ngày 16/9/1913, và đảo Flores được sáp nhập vào Hạt Phủ doãn Tông tòa ngày 20/7/1914;
Vào ngày 22/8/1973 tên tiếng Latinh của tổng giáo phận đã được đổi tên thành như hiện tại theo nghị định Cum propositum của Bộ Truyền giáo, thay thế tên cũ Archidioecesis Diakartana.[1]
Giám mục quản nhiệm
Các giai đoạn trống tòa không quá 2 năm hay không rõ ràng bị loại bỏ.